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- Bioconductor 3.17
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- CexoR(开发版)
CexoR
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DOI:10.18129 / B9.bioc.CexoR
这是发展CexoR版本;稳定的发布版本,请参阅CexoR。
R包发现高分辨率protein-DNA交互ChIP-exo复制
Bioconductor版本:发展(3.17)
链具体peak-pair调用ChIP-exo复制。累积Skellam分布函数是用来检测重要的正常数的差异不是在每个DNA链(peak-pairs)签字。然后,不能复制的发现率重叠peak-pairs跨生物复制计算。
作者:佩德罗情歌(aut (cre)
维护人员:佩德罗情歌< pmadrigal在ebi.ac.uk >
从内部引用(R,回车引用(“CexoR”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“CexoR”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“CexoR”)
| R脚本 | CexoR装饰图案 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | ChIPSeq,报道,FunctionalGenomics,PeakDetection,测序,软件 |
| 版本 | 1.37.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.13 (r - 3.0)(9.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 | GPL-2 +文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 4.2.0),S4Vectors,IRanges |
| 进口 | Rsamtools,GenomeInfoDb,GenomicRanges,rtracklayer,印尼盾,RColorBrewer,genomation |
| 链接 | |
| 建议 | RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,knitr,rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | CexoR_1.37.0.tar.gz |
| Windows二进制 | CexoR_1.37.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | CexoR_1.37.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | CexoR_1.37.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CexoR |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CexoR |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/CexoR/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CexoR/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
