Cepo

DOI:10.18129 / B9.bioc.Cepo

这是发展Cepo版本;稳定的发布版本,请参阅Cepo。

Cepo识别不同的稳定的基因

Bioconductor版本:发展(3.17)

定义一个细胞的身份是理解细胞的异质性的基础各种环境信号和扰动。我们提出Cepo,新方法探索细胞身份从单细胞RNA-sequencing数据使用微分稳定作为一种新的衡量标准来定义细胞身份基因。Cepo计算特异性基因统计有关微分稳定的基因表达。

作者:哈尼族Jieun金(aut (cre)王,凯文(aut)

维修工:哈尼族Jieun金<哈尼族。在gmail.com kim127 >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“Cepo”)

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browseVignettes (“Cepo”)

HTML	R脚本	Cepo scRNA-seq数据微分稳定性分析的方法
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文本		新闻

细节

biocViews	分类,DifferentialExpression,GeneExpression,测序,SingleCell,软件
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可
取决于	GSEABaseR (> = 4.1)
进口	DelayedMatrixStats,DelayedArray,HDF5Array,S4Vectors、方法、SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,ggplot2,rlanggrDevices,拼接而成,reshape2,BiocParallel统计数据,dplyr
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat,covr,UpSetR,嘘,scMerge,fgsea,逃避,pheatmap,拼接而成
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我	scClassify
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包档案

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源包	Cepo_1.5.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Cepo
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Cepo
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Cepo/
包下载报告	下载数据