CelliD

DOI:10.18129 / B9.bioc.CelliD

这是发展CelliD版本;稳定的发布版本,请参阅CelliD。

无偏提取单细胞基因签名使用多重对应分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

CelliD是clustering-free健壮的多元统计方法提取每个细胞从单细胞RNA-seq基因签名。CelliD允许无偏细胞身份识别在不同的捐赠者,tissues-of-origin、生物模型和单细胞组学协议。包也可以用来探索功能通路浓缩在单细胞的数据。

作者:彰Cortal (aut (cre),安东尼奥Rausell (aut,施莱)

维护人员:彰Cortal <彰。在institutimagine.org cortal >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“CelliD”)

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文档

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HTML	R脚本	CelliD装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq,聚类,DimensionReduction,GeneExpression,GeneSetEnrichment,RNASeq,SingleCell,软件
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.1),修拉(> = 4.0.1),SingleCellExperiment
进口	Rcpp,RcppArmadillo,统计,跑龙套,矩阵,发出滴答声,嘘,stringr,irlba,data.table,胶水,pbapply,umap,Rtsne,网状,fastmatch,matrixStats,ggplot2,BiocParallel,SummarizedExperiment,fgsea
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat,tidyverse,ggpubr,命运,ggrepel
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CelliD_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	CelliD_1.7.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CelliD_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CelliD
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CelliD
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CelliD/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CelliD/
包下载报告	下载数据