CellaRepertorium

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellaRepertorium

这是发展CellaRepertorium版本;稳定的发布版本,请参阅CellaRepertorium。

数据结构、集群和检测单个细胞免疫受体体验(scRNAseq RepSeq / AIRR-seq)

Bioconductor版本:发展(3.16)

集群和高通量分析方法单一细胞免疫细胞体验,特别是从10倍基因组学VDJ解决方案。包含一个R接口CD-HIT(李和Godzik 2006)。可视化和分析成对重链数据的方法。测试具体的扩张,以及综合oligoclonality下超几何模型。

作者:安德鲁McDavid (aut (cre),余顾(aut),埃里克VonKaenel (aut),亚伦·瓦格纳(aut)托马斯·彼得森林(施)

维护人员:安德鲁McDavid < Andrew_McDavid urmc.rochester.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“CellaRepertorium”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CellaRepertorium”)

HTML	R脚本	介绍CellaRepertorium
HTML	R脚本	集群和微分曲目CDR3上序列的使用
HTML	R脚本	结合曲目与SingleCellExperiment进行表达
HTML	R脚本	质量控制和探索UMI-based曲目数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,ImmunoOncology,RNASeq,SingleCell,软件,TargetedResequencing,技术,转录组
版本	1.7.1上
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	dplyr,宠物猫,stringr,Biostrings,Rcpp,reshape2、方法、rlang(> = 0.3),purrr,矩阵,S4Vectors,BiocGenerics,tidyr,forcats,进步,统计,跑龙套,泛型,胶水
链接	Rcpp
建议	testthat,readr,knitr,rmarkdown,ggplot2,BiocStyle,ggdendro,扫帚,lme4,RColorBrewer,SingleCellExperiment,嘘,broom.mixed,cowplot,igraph,ggraph
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/amcdavid/CellaRepertorium
BugReports	https://github.com/amcdavid/CellaRepertorium/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CellaRepertorium_1.7.1.tar.gz
Windows二进制	CellaRepertorium_1.7.1.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	CellaRepertorium_1.7.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellaRepertorium
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CellaRepertorium
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CellaRepertorium/
包下载报告	下载数据