CellTrails

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellTrails

这是发展CellTrails版本;稳定版请参见CellTrails．

分支轨迹的重建、可视化和分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

CellTrails是一种无监督算法，用于单细胞表达数据的从头时间顺序、可视化和分析。CellTrails使用了几何激励的低维流形学习概念，它展示了许多优点，可以抵消由退出、技术方差和预测变量冗余引起的单细胞数据的固有噪声。CellTrails支持分支轨迹的重建，并同时提供沿着所有分支的表达模式的直观图形表示。它允许用户定义和推断不同表型的个体和多条途径的表达动态。

作者:丹尼尔·埃尔旺格[aut, cre, cph]

维护者:Daniel Ellwanger

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("CellTrails")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CellTrails”)

PDF	R脚本	CellTrails:从单细胞表达数据中重建、可视化和分析分支轨迹
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DataRepresentation，DifferentialExpression，DimensionReduction，GeneExpression，ImmunoOncology，测序，SingleCell，软件，TimeCourse
版本	1.17.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)，SingleCellExperiment
进口	BiocGenerics，Biobase，cba，dendextend，dtw，EnvStats，ggplot2，ggrepelgrDevices,igraph，maptree、方法、mgcv，reshape2，Rtsne，统计，样条，SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	AnnotationDbi，命运，RUnit，嘘，食物，knitr，org.Mm.eg.db，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CellTrails_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	CellTrails_1.17.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CellTrails_1.17.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CellTrails_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellTrails
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CellTrails
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CellTrails/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CellTrails/
软件包下载报告	下载数据