CellScore

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellScore

这是发展CellScore版本;稳定的发布版本,请参阅CellScore。

从转录资料工具评估细胞的身份

Bioconductor版本:发展(3.18)

CellScore包包含函数来评估细胞的身份一个测试样本,给定一个细胞过渡定义开始(供体)细胞类型和所需的靶细胞类型。评估是基于一个评分系统,使用一组标准的样本已知的细胞类型,参考集。功能进行了大量的微阵列数据从一个平台上(人类基因组U133 Affymetrix + 2.0)。原则上,该方法可以应用于任何表达数据集,只要有足够数量的标准样品和数据标准化。

作者:南希Mah,怀中Taskova

维护人员:南希Mah < nancy.l。mah googlemail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“CellScore”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CellScore”)

PDF	R脚本	R包:CellScore
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport,GeneExpression,微阵列,MultipleComparison,ReportWriting,软件,转录,可视化
版本	1.21.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	Biobase(> = 2.39.1)、图形(> = 3.5.0)grDevices (> = 3.5.0) gplots (> = 3.0.1), lsa(> = 0.73.1)、方法(> = 3.5.0),RColorBrewer(> = 1.1 2),南瓜(> = 1.0.8),数据(> = 3.5.0),跑龙套(> = 3.5.0)
链接
建议	hgu133plus2CellScore,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CellScore_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	CellScore_1.21.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CellScore_1.21.0.tgz
macOS二进制(arm64)	CellScore_1.21.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellScore
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CellScore
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CellScore/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CellScore/
包下载报告	下载数据