CellMixS

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellMixS

这是发展CellMixS版本;稳定的发布版本,请参阅CellMixS。

评估Cellspecific混合

Bioconductor版本:发展(3.17)

CellMixS提供指标和功能评估批效果、数据集成和批量效应校正与单个细胞单细胞trancriptome数据分辨率。结果可以可视化和总结在不同的水平,如细胞,celltype或数据集的水平。

作者:Almut Lutge (aut (cre)

维护人员:Almut Lutge < Almut。在uzh.ch luetge >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“CellMixS”)

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文档

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HTML	R脚本	探索数据集成和批处理的效果
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细节

biocViews	BatchEffect,GeneExpression,SingleCell,软件,转录组
版本	1.15.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	kSamplesR (> = 4.0)
进口	BiocNeighbors,ggplot2,嘘,冬青,cowplot,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,tidyr,magrittr,dplyr,ggridges统计数据,purrr、方法、BiocParallel,BiocGenerics
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,limma,Rtsne
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/almutlue/CellMixS
BugReports	https://github.com/almutlue/CellMixS/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CellMixS_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	CellMixS_1.15.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CellMixS_1.15.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellMixS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CellMixS
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CellMixS/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CellMixS/
包下载报告	下载数据