CellBench

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellBench

这是发展CellBench版本;稳定的发布版本,请参阅CellBench。

单细胞分析方法建立基准

Bioconductor版本:发展(3.14)

这个包包含基础设施为基准测试分析方法和访问单个细胞混合物基准数据。它提供了一个组织框架分析方法和测试方法的组合在一个没有明确的管道布置每个组合。它还提供了公用事业的采样和过滤SingleCellExperiment对象,构造函数具有不同的参数列表,多线程的评估分析方法。

作者:Shian Su (cre, aut], Saskia Freytag (aut) Luyi田(aut) Xueyi盾(aut),马修·里奇(aut)彼得·希[所有],斯图亚特·李(施)

维护人员:Shian <苏苏。年代在wehi.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“CellBench”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML		CellBenchCaseStudy.html
PDF	R脚本	数据操作
HTML	R脚本	介绍
PDF	R脚本	Tidyverse模式
HTML	R脚本	时机
HTML	R脚本	编写包装
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施,软件
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6),SingleCellExperiment,magrittr、方法、统计数据宠物猫,跑龙套
进口	BiocGenerics,BiocFileCache,BiocParallel,dplyr,rlang,胶水,memoise,purrr(> = 0.3.0),rappdirs,tidyr,tidyselect,lubridate
链接
建议	BiocStyle,covr,knitr,rmarkdown,testthat,limma,ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/shians/cellbench
BugReports	https://github.com/Shians/CellBench/issues
取决于我
进口我
建议我	科拉尔
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CellBench_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	CellBench_1.9.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	CellBench_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellBench
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CellBench
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CellBench/
包下载报告	下载数据