CETF

doi：10.18129/b9.bioc.cetf

这是发展CETF的版本；对于稳定版本，请参阅CETF。

使用法规影响因素以及部分相关和信息理论分析的转录因子共表达

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包提供了与信息理论（PCIT）（Reverter和Chan 2008）和监管影响因素（RIF）（Reverter等人，2010年）算法执行部分相关系数（PCIT）（PCIT）（PCIT）（PCIT）（PCIT）（Rever和Chan 2008）的必要功能。PCIT算法识别有意义的相关性以定义加权网络中的边缘，并且可以应用于基于相关的网络，包括但不限于基因共表达网络，而RIF算法则从基因表达数据中识别关键转录因子（TF）。这两种算法合并后，为基因表达研究提供了非常相关的信息层（微阵列，RNA-Seq和单细胞RNA-seq数据）。

作者：Carlos Alberto Oliveira de Biagi Junior [AUT，CRE]，Ricardo Perecin Nociti [Aut]，Breno Osvaldo Funicheli [Aut]，JoãoPauloBianchi Ximenez [CTB]，PatríciaDecássssiaRuy [ctb]]，Rafael Dos Santos Bezerra [CTB]，WilsonAraújoDaSilva Junior [Aut，THS]

维护者：Carlos Alberto Oliveira de Biagi Junior

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ cetf”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ CETF”）

html	R脚本	分析监管影响因素以及部分相关和信息理论
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	chipseq，，，，覆盖范围，，，，差异性，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，微阵列，，，，网络，，，，正常化，，，，rnaseq，，，，回归，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录
版本	1.9.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.0），方法
进口	循环，，，，复杂的图像，，，，clusterProfiler，，，，deseq2，，，，dplyr，，，，Genomictools，，，，genomictools.filehandler，，，，ggally，，，，ggnetwork，，，，GGPLOT2，，，，ggpubr，，，，Ggrepel，图形，网格，Igraph，，，，矩阵，，，，网络，，，，RCPP，，，，RCY3，统计总结性特征，，，，S4VECTORS，UTILS
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo
建议	呼吸道，，，，KableExtra，，，，尼特，org.hs.eg.db，rmarkDown，，，，测试
系统要求	libcurl4-openssl-dev，libxml2-dev，libssl-dev，gfortran，build-esential，libz-dev，zlib1g-dev
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cetf_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	cetf_1.9.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	cetf_1.9.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cetf
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/cetf
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/cetf/
软件包下载报告	下载统计