CRISPRseek

DOI:10.18129 / B9.bioc.CRISPRseek

这是发展CRISPRseek版本;稳定的发布版本请参见CRISPRseek。

CRISPR-Cas9基因组编辑系统中靶特异性引导rna的设计

生物导体版本:开发(3.13)

该包包括为CRISPR编辑系统寻找潜在的引导rna的功能，包括输入目标序列的碱基编辑器和主编辑器，选择性过滤引导rna无限制性酶切位点，或无配对引导rna，全基因组搜索脱靶，评分，排名，提取侧翼序列，判断靶和非靶是否位于外显子区。潜在的引导rna用top5和topN脱靶总得分、详细的topN错配位点、限制性内切酶切位点和配对的引导rna来标注。该包还为Cas9目标站点输出indel及其频率。

作者:Lihua Julie Zhu, Benjamin R. Holmes, Hervé Pagès, Mao Hui, Michael Lawrence, Isana Veksler-Lublinsky, Victor Ambros, Neil Aronin and Michael Brodsky

维护者:Lihua Julie Zhu < Julie。朱:umassmed.edu >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("CRISPRseek")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CRISPRseek”)

PDF	R脚本	CRISPRseek装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR,GeneRegulation,ImmunoOncology,SequenceMatching,软件
版本	1.31.2
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.0.1),BiocGenerics,Biostrings
进口	平行,data.table,seqinr,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges,BSgenome,BiocParallel,哈希、方法、网状,rhdf5
链接
建议	RUnit,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	crisprseekplus
进口我	GUIDEseq,multicrispr
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CRISPRseek_1.31.2.tar.gz
Windows二进制	CRISPRseek_1.31.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CRISPRseek_1.31.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CRISPRseek
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CRISPRseek
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CRISPRseek/
包下载报告	下载数据