COTAN

DOI:10.18129 / B9.bioc.COTAN

这是发展COTAN版本;稳定的发布版本,请参阅COTAN。

COexpression表分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

统计和计算方法来分析基因的co-expression对在单个细胞水平。它提供了单细胞基因interactome分析的基础。基本思想是研究零UMI数的分布,而不是集中在积极的方面;这是完成了一个广义应变表框架。COTAN或反关联可以有效地评估相关基因的表达对。它提供了一个数值指数相关性和相关的近似假定值相关的独立测试。COTAN也可以评估单个基因差异表达,是否用新定义的全球分化指数得分。此外,这种方法提供了方法的情节和集群基因与其他基因根据co-expression模式,有效地帮助基因相互作用的研究,成为一个新工具来识别cell-identity标记基因。

作者:Galfre西尔维亚会(aut (cre),Morandin弗朗西斯科(aut),Pietrosanto马可(aut),Cremisi费德里科•(aut),Helmer-Citterich曼(aut)

维护人员:Galfre西尔维亚会<西尔维亚。在uniroma1.it galfre >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“COTAN”)

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HTML	R脚本	指导教程
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细节

biocViews	GeneExpression,SingleCell,软件,SystemsBiology,转录组
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	dplyr、方法、grDevices矩阵,ggplot2,ggrepel、统计、并行,宠物猫,tidyr,irlba,ComplexHeatmap,circlize、网格尺度跑龙套,rlang,Rfast
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),拼写,knitr,data.table,R.utils,tidyverse,rmarkdown,htmlwidgets,质量,factoextra,Rtsne,情节,dendextend,BiocStyle,cowplot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/seriph78/COTAN
BugReports	https://github.com/seriph78/COTAN/issues
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包档案

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源包	COTAN_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	COTAN_1.3.0.zip
macOS二进制(x86_64)	COTAN_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)	COTAN_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/COTAN
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ COTAN
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/COTAN/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/COTAN/
包下载报告	下载数据