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- Bioconductor 3.17
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- 指南针(开发版)
指南针
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DOI:10.18129 / B9.bioc.COMPASS
这是发展版本的指南针;稳定的发布版本,请参阅指南针。
单个细胞的组合多官能度分析
Bioconductor版本:发展(3.17)
指南针是一个统计框架,使公正分析抗原t细胞的子集。指南针使用贝叶斯层次框架模型所有观察到的cell-subsets并选择最有可能抗原而加快小细胞计数,经常出现在多参数空间。模型提供了一种后验概率每个细胞的特异性的子集,每个样本,可以用于配置主体的外部刺激免疫反应,如感染或接种疫苗。
作者:林林恩,凯文•Ushey格雷格•Finak Ravio Kolde (pheatmap)
维护人员:格雷格Finak < gfinak fhcrc.org >
从内部引用(R,回车引用(“指南针”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“指南针”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“指南针”)
| HTML | R脚本 | 指南针 |
| R脚本 | SimpleCOMPASS | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | FlowCytometry,ImmunoOncology,软件 |
| 版本 | 1.37.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.14 (r - 3.1)(9年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 3.0.3) |
| 进口 | 方法,Rcpp,data.table,RColorBrewer,尺度、网格plyr,knitr,abind,线索grDevices跑龙套,pdist,magrittr,reshape2,dplyr,tidyr,rlang,BiocStyle,rmarkdown,foreach,coda |
| 链接 | Rcpp(> = 0.11.0)它 |
| 建议 | flowWorkspace(> = 3.33.1),flowCore,ncdfFlow,闪亮的,testthat,devtools,flowWorkspaceData,ggplot2,进步 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/RGLab/COMPASS/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | COMPASS_1.37.0.tar.gz |
| Windows二进制 | COMPASS_1.37.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | COMPASS_1.37.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | COMPASS_1.37.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/COMPASS |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/指南针 |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/COMPASS/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/COMPASS/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
