食典委

DOI:10.18129 / B9.bioc.CODEX

这是发展食典委的版本;稳定的发布版本请参见食典委。

全外显子组测序的归一化和拷贝数变异检测方法

生物导体版本:开发(3.13)

一种用于整个外显子组DNA测序数据的规范化和拷贝数变异调用程序。CODEX依赖于使用同一测序管道处理的多个样品的可得性进行标准化，不需要匹配的对照。CODEX中的标准化模型包括专门消除GC含量、外显子长度、靶向性和扩增效率以及潜在系统性伪影的术语。CODEX还包括一个基于泊松似然的递归分割程序，它显式地建模基于计数的外显子组测序数据。

作者:姜宇超，张瑞玲

维护人:蒋宇超

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("CODEX")

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文档

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PDF	R脚本	使用食品
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,ExomeSeq,ImmunoOncology,归一化,质量控制,软件
版本	1.23.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(6年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.2.3),Rsamtools,GenomeInfoDb,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,IRanges,Biostrings,S4Vectors
进口
链接
建议	WES.1KG.WUGSC
SystemRequirements
增强了
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取决于我	iCNV
进口我
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构建报告

包档案

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源包	CODEX_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	CODEX_1.23.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CODEX_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CODEX
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/法典
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CODEX/
包下载报告	下载数据