食典委

DOI:10.18129 / B9.bioc.CODEX

这是发展食典委的版本;稳定的发布版本请参见食典委

全外显子组测序的归一化和拷贝数变异检测方法

生物导体版本:开发(3.13)

一种用于整个外显子组DNA测序数据的规范化和拷贝数变异调用程序。CODEX依赖于使用同一测序管道处理的多个样品的可得性进行标准化,不需要匹配的对照。CODEX中的标准化模型包括专门消除GC含量、外显子长度、靶向性和扩增效率以及潜在系统性伪影的术语。CODEX还包括一个基于泊松似然的递归分割程序,它显式地建模基于计数的外显子组测序数据。

作者:姜宇超,张瑞玲

维护人:蒋宇超

引文(从R中输入引用(“法典”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("CODEX")

有关较旧版本的R,请参阅适当的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“法典”)

PDF R脚本 使用食品
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariation,ExomeSeq,ImmunoOncology,归一化,质量控制,软件
版本 1.23.0
Bioconductor自 BioC 3.1 (R-3.2)(6年)
许可证 GPL-2
取决于 R (> = 3.2.3),Rsamtools,GenomeInfoDb,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,IRanges,Biostrings,S4Vectors
进口
链接
建议 WES.1KG.WUGSC
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 iCNV
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包 CODEX_1.23.0.tar.gz
Windows二进制 CODEX_1.23.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) CODEX_1.23.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CODEX
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/法典
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CODEX/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。将有关Bioconductor的问题张贴到以下地点之一:

  • 支持网站-关于生物导体封装的问题
  • 正常词 邮件列表-为包开发人员bob电竞体育官网