可可

DOI:10.18129 / B9.bioc.COCOA

这是发展COCOA版本;稳定版请参见可可．

坐标共变分析

Bioconductor版本:开发(3.14)

COCOA是一种理解样本间表观遗传变异的方法。COCOA可用于表观遗传数据，包括基因组坐标和表观遗传信号，如DNA甲基化和染色质可及性数据。为了在较高的水平上描述该方法，COCOA使用有监督或无监督技术量化样本间的变化，然后使用“区域集”数据库来注释样本之间的变化。区域集是一组共享生物学注释的基因组区域，例如转录因子(TF)结合区域、组蛋白修饰区域或开放染色质区域。COCOA可以识别样本之间与表观遗传变异相关的区域集，并增加对数据变异的理解。

作者:约翰·劳森[aut, cre]，内森·谢菲尔德[aut] (http://www.databio.org)，杰森·史密斯[ctb]

维护者:John Lawson

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("COCOA")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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超文本标记语言	R脚本	坐标共变分析导论
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，ChIPSeq，DNAMethylation，DNaseSeq，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneRegulation，GenomeAnnotation，GenomicVariation，ImmunoOncology，MethylSeq，MethylationArray，PrincipalComponent，测序，软件，SystemsBiology
版本	2.7.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5)，GenomicRanges
进口	BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，data.table，ggplot2，Biobase，统计，方法，ComplexHeatmap，米拉，tidyr， grid, grDevices，simpleCache，fitdistrplus
链接
建议	knitr平行,testthat，BiocStyle，rmarkdown，AnnotationHub，萝拉
SystemRequirements
增强了
URL	http://code.databio.org/COCOA/
BugReports	https://github.com/databio/COCOA
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

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源包	COCOA_2.7.0.tar.gz
Windows二进制	COCOA_2.7.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	COCOA_2.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/COCOA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/COCOA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/COCOA/
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