CNVrd2

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVrd2

这是发展CNVrd2版本;稳定版请参见CNVrd2．

CNVrd2:一种基于读深的方法，用于从下一代测序数据中检测复杂的常见拷贝数变异并进行基因分型。

Bioconductor版本:开发(3.17)

CNVrd2利用下一代测序数据测量多个样本的人类基因拷贝数，识别标记拷贝数变体的snp，并检测拷贝数多态性基因组区域。

作者:黄檀阮，托尼R梅里曼和米克布莱克

维护:Hoang Tan Nguyen

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("CNVrd2")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CNVrd2”)

PDF	R脚本	Markdown Vignette与针织
PDF		参考手册

细节

biocViews	集群。，CopyNumberVariation，报道，LinkageDisequilibrium，单核苷酸多态性，测序，软件
版本	1.37.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(9.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 3.0.0)，方法，VariantAnnotation平行,rjags，ggplot2，gridExtra
进口	DNAcopy，IRanges，Rsamtools
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hoangtn/CNVrd2
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CNVrd2_1.37.0.tar.gz
Windows二进制	CNVrd2_1.37.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CNVrd2_1.37.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CNVrd2_1.37.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVrd2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CNVrd2
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CNVrd2/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CNVrd2/
软件包下载报告	下载数据