CNVRanger

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVRanger

这是发展CNVRanger版本;稳定发布版本请参见CNVRanger．

CNV范围的总结和表达/表型的关联

Bioconductor版本:开发(3.16)

CNVRanger包为CNV分析实现了一个全面的工具套件。这包括在种群中总结单个CNV调用的功能，评估与功能基因组区域的重叠，以及与基因表达和定量表型的关联分析。

作者:路德维希·盖斯特林格[aut, cre]，维尼修斯·恩里克·达·席尔瓦[aut]，马塞尔·拉莫斯[ctb]，利瓦伊·沃尔德龙[ctb]

维护者:Ludwig Geistlinger

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("CNVRanger")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“CNVRanger”)

超文本标记语言	R脚本	CNV范围的总结与定量性状分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，DifferentialExpression，GeneExpression，GenomeWideAssociation，GenomicVariation，微阵列，RNASeq，单核苷酸多态性，软件
版本	1.13.0
在Bioconductor公司	BioC 3.9 (R-3.6)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GenomicRanges，RaggedExperiment
进口	BiocGenerics，BiocParallel，GDSArray，GenomeInfoDb，IRanges，S4Vectors，SNPRelate，SummarizedExperiment，data.table，刨边机，gdsfmtgrDevices,晶格，limma、方法、plyr，qqman，rappdirs，reshape2，统计，效用
链接
建议	AnnotationHub，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau6.masked，BiocStyle，ComplexHeatmap，Gviz，MultiAssayExperiment，TCGAutils，curatedTCGAData，ensembldb、网格knitr，地区，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/CNVRanger/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CNVRanger_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	CNVRanger_1.13.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CNVRanger_1.13.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/CNVRanger
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CNVRanger
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CNVRanger/
软件包下载报告	下载数据