CNVPanelizer

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVPanelizer

这是发展CNVPanelizer版本;稳定版请参见CNVPanelizer．

在靶向测序应用中可靠的CNV检测

Bioconductor版本:开发(3.17)

一种允许使用不匹配的正常组织样本的方法。我们的方法使用可用参考样本的非参数自举子抽样来估计来自靶向测序的读计数分布。受随机森林的启发，这与对每个目标基因相关的扩增子进行子采样的程序相结合。获得的信息使我们能够在基因水平上可靠地对拷贝数畸变进行分类。

作者:Cristiano Oliveira [aut]， Thomas Wolf [aut, cre]， Albrecht Stenzinger [ctb]， Volker Endris [ctb]， Nicole Pfarr [ctb]， Benedikt Brors [ths]， Wilko Weichert [ths]

维护:Thomas Wolf

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("CNVPanelizer")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CNVPanelizer”)

PDF	R脚本	CNVPanelizer
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，CopyNumberVariation，报道，归一化，测序，软件
版本	1.31.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(7.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.2.0)，GenomicRanges
进口	BiocGenerics，S4Vectors， grDevices, stats, utils，NOISeq，IRanges，Rsamtools，exomeCopy，foreach，ggplot2，plyr，GenomeInfoDb，gplots，reshape2，stringr，testthat、图形、方法、闪亮的，shinyFiles，shinyjs、网格openxlsx
链接
建议	knitr，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CNVPanelizer_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	CNVPanelizer_1.31.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CNVPanelizer_1.31.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CNVPanelizer_1.31.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVPanelizer
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CNVPanelizer
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CNVPanelizer/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CNVPanelizer/
软件包下载报告	下载数据