CNER

doi:10.18129/b9.bioc.cner

这是发展CNER的版本;对于稳定版本,请参阅CNER

CNE检测和可视化

生物导体版本:开发(3.16)

对保守非编码元素集的大规模识别和高级可视化。

作者:ge tan

维护者:ge tan

引用(从r内,输入引用(“ cner”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: install(decon ='devel')biocmanager :: install(“ cner”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ CNER”)

html R脚本 CNE识别和可视化
html R脚本 成对整个基因组比对
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 DataImport,,,,结肠管制,,,,软件,,,,可视化
版本 1.33.0
在生物导体中 Bioc 2.14(R-3.1)(8。5年)
执照 GPL-2 |文件执照
要看 R(> = 3.5.0)
进口 生物弦(> = 2.33.4),DBI(> = 0.7),rsqlite(> = 0.11.4),GenomeInfodB(> = 1.1.3),基因组机(> = 1.23.16),rtracklayer(> = 1.25.5),xvector(> = 0.5.4),基因组签名(> = 1.1.9),方法,S4VECTORS(> = 0.13.13),iranges(> = 2.5.27),readr(> = 0.2.2),生物基因,工具,并行,RESHAPE2(> = 1.4.1),GGPLOT2(> = 2.1.0),PowerLaw(> = 0.60.3),注释(> = 1.50.0),go.db(> = 3.3.0),r.utils(> = 2.3.0),keggrest(> = 1.14.0)
链接 S4VECTORS,,,,iranges,,,,xvector
建议 GVIZ(> = 1.7.4),生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER10,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38,,,,txdb.drerio.ucsc.danrer10.refgene,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,bsgenome.ggallus.ucsc.galgal3
系统要求
增强
URL https://github.com/ge11232002/cner
BugReports https://github.com/ge11232002/cner/issues
取决于我
进口我 TFBSTOOLS
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 cner_1.33.0.tar.gz
Windows二进制 cner_1.33.0.zip(仅64位)
MacOS 10.13(高山脉) cner_1.33.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cner
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/cner
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/cner/
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