CINdex

DOI:10.18129 / B9.bioc.CINdex

这是发展CINdex版本;稳定版请参见CINdex．

染色体不稳定性指数

Bioconductor版本:开发(3.17)

CINdex包涉及高通量基因组分析的重要领域。它允许自动处理和分析由Affymetrix SNP 6.0阵列或类似的高通量技术生成的实验DNA拷贝数数据。它计算染色体不稳定性(CIN)指数，允许定量地描述全基因组DNA拷贝数改变作为染色体不稳定性的衡量标准。该软件包不仅计算整体基因组的不稳定性，而且在染色体和细胞带水平上分别计算拷贝数增加和损失的不稳定性。

作者:宋雷[aut](乔治敦大学医学中心生物医学信息学创新中心)，Krithika Bhuvaneshwar [aut](乔治敦大学医学中心生物医学信息学创新中心)，王悦[aut, ths](弗吉尼亚理工学院和州立大学)，冯元健[aut](弗吉尼亚理工学院和州立大学)，施爱明[aut](约翰霍普金斯大学医学院)，Subha Madhavan [aut](生物医学信息学创新中心，(乔治敦大学医学中心生物医学信息创新中心)，Yuriy Gusev [aut, cre](乔治敦大学医学中心)

维护者:Yuriy Gusev

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("CINdex")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CINdex”)

PDF	R脚本	CINdex教程
PDF	R脚本	如何获取细胞带和染色信息
PDF	R脚本	为CINdex准备输入数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，遗传学，GenomicVariation，微阵列，测序，软件，aCGH
版本	1.27.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.3)，GenomicRanges
进口	bitops，gplotsgrDevices,耶鲁大学管理学院，dplyr，gridExtra，png，stringr，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，图形，统计，效用
链接
建议	knitr，testthat，ReactomePA，RUnit，BiocGenerics，AnnotationHub，rtracklayer，pd.genomewidesnp.6，org.Hs.eg.db，biovizBase，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene、方法、Biostrings，Homo.sapiens，R.utils
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CINdex_1.27.0.tar.gz
Windows二进制	CINdex_1.27.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CINdex_1.27.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CINdex_1.27.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CINdex
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CINdex
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CINdex/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CINdex/
软件包下载报告	下载数据