狂欢节

DOI:10.18129 / B9.bioc.CARNIVAL

这是发展狂欢节的版本;稳定的发布版本,请参阅狂欢节。

网络识别因果推理工具(从基因表达数据)使用整数值编程

Bioconductor版本:发展(3.18)

升级因果推理工具从R中的米拉等更新作业TFs的重量从后代的分数。可以自由调整优化参数,可以获得多个解决方案和聚合。

作者:Enio Gjerga (aut)刘,Panuwat Trairatphisan (aut),阿尼卡[所有],阿尔贝托Valdeolivas[所有],尼古拉·佩斯克斯证伪这[所有],Aurelien Dugourd[所有],阿提拉伽柏(cre),奥尔加伊万诺娃(aut)

维护人员:<匈奴王阿提拉伽柏。伽柏在uni-heidelberg.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“狂欢节”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“狂欢节”)

HTML	R脚本	中将大规模信号网络与狂欢节表达式的足迹
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,网络,软件,转录组
版本	2.11.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	readr、stringr lpSolve、igraph dplyr,宠物猫,tidyr, rjson rmarkdown
链接
建议	RefManageR,BiocStyle,knitr covr testthat (> = 3.0.0), sessioninfo
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/saezlab/CARNIVAL
BugReports	https://github.com/saezlab/CARNIVAL/issues
取决于我
进口我	cosmosR
建议我	dce
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CARNIVAL_2.11.0.tar.gz
Windows二进制	CARNIVAL_2.11.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	CARNIVAL_2.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)	CARNIVAL_2.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CARNIVAL
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/狂欢节
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CARNIVAL/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CARNIVAL/
包下载报告	下载数据