CageFightr.

DOI：10.18129 / b9.bioc.cagefightr.

这是发展版本的笼子。对于稳定的版本版本，请参阅CageFightr.。

基因表达（笼子）使用Biocominuction分析分析

Bioconductor版本：开发（3.13）

笼是一种广泛使用的高通量测定，用于测量转录开始点（TSS）活动。CageFightr是一个R / Biocuconductor包，用于对CAGE和5'-END数据进行广泛的常见数据分析任务。核心功能包括：导入笼TSSS（CTSS），标签（或单向）聚类，用于TSS识别，用于增强剂识别的双向聚类，用转录物和基因模型的注释，TSS和增强子表达的相关性，CSS形状的计算，笼的量化表达作为表达矩阵和基因组脉动可视化。

作者：Malte Thodberg

维护者：Malte Thodberg

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）＃下面初始化buoc devel biocmanager :: install的使用（版本='devel'）biocmanager ::安装（“cagefightr”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“CAGEFIGHTR”）

HTML.	r script.	凯奇菲格尔简介
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	注解那覆盖范围那DataImport.那datarepresentation那基因表达那Generegulation.那GenomeBrowsers.那正常化那PeakDetection.那预处理那测序那软件那转录那转录组学那可视化
版本	1.11.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.7（R-3.5）（3年）
执照	gpl-3 +文件执照
依靠	r（> = 3.5），Genomicranges.（> = 1.30.1），rtracklayer.（> = 1.38.2），概括分析（> = 1.8.1）
进口	椒盐粉（> = 0.1.3），assertthat.（> = 0.2.0），方法（> = 3.6.3），矩阵（> = 1.2-12），生物根系（> = 0.24.0），S4Vectors.（> = 0.16.0），绞喉（> = 2.12.0），Genomeinfodb.（> = 1.14.0），基因组法（> = 1.29.11），基因管理（> = 1.22.1），生物相投（> = 1.12.0），基因组夫妇（> = 1.14.0），GVIZ.（> = 1.22.2），互动（> = 1.9.4），基因组互动（> = 1.15.1）
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那生物焦那org.mm.eg.db.那txdb.mmusculus.ucsc.mm9.knowngene.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/maltethodberg/cagefightr.
Bugreports.	https://github.com/maltethodberg/cagefightr/issues.
取决于我	CageWorkflow.
进口我
建议我	纳米管子
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	cagefightr_1.11.0.tar.gz.
Windows二进制文件	cagefightr_1.11.0.zip.（32-＆64位）
Macos 10.13（高塞拉）	cagefightr_1.11.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/cagefightr.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/笼式菲格特
包短网址	https://biocumon.org/packages/cagefightr/
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