BubbleTree

DOI:10.18129 / B9.bioc.BubbleTree

这是发展BubbleTree的版本;稳定版请参见BubbleTree．

BubbleTree:利用下一代测序数据来阐明体细胞镶嵌中的肿瘤非整倍体和克隆性的直观可视化

Bioconductor版本:开发(3.17)

肿瘤标本组间CNV分析。

作者:朱伟， Michael Kuziora ， Todd Creasy ， Brandon Higgs

维护者:Todd Creasy ， Wei Zhu

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BubbleTree")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BubbleTree”)

超文本标记语言	R脚本	BubbleTree教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，报道，测序，软件
版本	2.29.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(8年)
许可证	LGPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.5)，IRanges，GenomicRanges，plyr，dplyr，magrittr
进口	BiocGenerics(> = 0.31.6),BiocStyle，Biobase，ggplot2，WriteXLS，gtools，RColorBrewer，limma、网格gtable，gridExtra，biovizBase，e1071，方法，grDevices，统计，utils
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BubbleTree_2.29.0.tar.gz
Windows二进制	BubbleTree_2.29.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	BubbleTree_2.29.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	BubbleTree_2.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BubbleTree
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BubbleTree
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BubbleTree/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BubbleTree/
软件包下载报告	下载数据