BloodGen3Module

DOI:10.18129 / B9.bioc.BloodGen3Module

这是发展版本的BloodGen3Module;稳定版请参见BloodGen3Module．

这个R包用于执行模块表分析和生成指纹表示

Bioconductor版本:开发(3.16)

BloodGen3Module包为R用户提供了执行模块表分析和生成指纹表示的功能。功能可以通过指纹网格图或指纹热图进行分组比较或单个样本分析和可视化。模块库分析通常涉及确定每个模块的组成基因显著增加或减少的百分比。正如我们在https://www.biorxiv.org/content/10.1101/525709v2和https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33624743/中详细描述的那样，模块表分析的结果可以用指纹格式表示，其中红色和蓝色点表示模块活动的增加或减少。这些点随后被表示在网格上，每个位置被分配给给定的模块，或者在热图中，样本被排列在列中，模块被排列在行中。

作者:Darawan Rinchai [aut, cre]

维护:Darawan Rinchai

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BloodGen3Module")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BloodGen3Module”)

超文本标记语言	R脚本	BloodGen3Module:模块库分析和可视化
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression，软件，可视化
版本	1.5.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.1)
进口	SummarizedExperiment，ExperimentHub，方法，网格，图形，统计，grDevices，circlize，testthat，ComplexHeatmap(> = 1.99.8),ggplot2，matrixStats，gtools，reshape2，preprocessCore，randomcoloR，V8，limma
链接
建议	RUnit，devtools，BiocGenerics，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BloodGen3Module_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	BloodGen3Module_1.5.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	BloodGen3Module_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BloodGen3Module
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BloodGen3Module
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BloodGen3Module/
软件包下载报告	下载数据