BiocStyle

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiocStyle

这是发展BiocStyle的版本;稳定版请参见BiocStyle．

小插图和其他Bioconductor文档的标准样式

Bioconductor版本:开发(3.13)

为Bioconductor PDF和HTML文档提供标准格式样式。bob彩票平台包小插图说明使用和功能。

作者:安德烈·奥莱乌奇、马丁·摩根、沃尔夫冈·胡贝尔

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BiocStyle")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BiocStyle”)

超文本标记语言	R脚本	创作R Markdown小插图
PDF	R脚本	生物导体乳胶风格2.0
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件
版本	2.19.1
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	bookdown，knitr(> = 1.30),rmarkdown(>= 1.2)， stats, utils，yaml，BiocManager
链接
建议	BiocGenerics，RUnit，htmltools
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Bioconductor/BiocStyle
BugReports	https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues
全靠我	curatedBreastData，cytofWorkflow，methylationArrayAnalysis，org.Mxanthus.db，rnaseqGene，RnaSeqGeneEdgeRQL，sangeranalyseR
进口我	abseqR，ASpli，BiocWorkflowTools，BPRMeth，BubbleTree，chimeraviz，指南针，德科，DiscoRhythm，FieldEffectCrc，geneXtendeR，梅丽莎，MSnID，PathoStat，PhyloProfile，锐步，regionReport，Rmmquant，Rqc，scTensor，scTGIF，simpleSingleCell，srnadiff
建议我	ABAData，ABAEnrichment，王牌，ADAMgui，ADImpute，AffiXcan，affycoretools，aggregateBioVar，AHEnsDbs，ALDEx2，alevinQC，AllelicImbalance，AMOUNTAIN，amplican，AneuFinder，微生物，注释，AnnotationDbi，AnnotationFilter，AnnotationForge，AnnotationHub，AnnotationHubData，annotationTools，annotatr，anota2seq，AnVILBilling，AnVILPublish，APAlyzer，arrayQualityMetrics，数组，artMS，ASGSCA，亚瑟士，ASICSdata，AssessORF，AssessORFData，分配，ATACseqQC，atSNP，AUCell，BaalChIP，培根，bamsignals，强盗，basecallQC，基础知识，蛇怪，basilisk.utils，后面;，bayNorm，baySeq，beachmat，beadarray，BeadDataPackR，BEARscc，BEclear，benchmarkfdrData2019，BgeeDB，bigmelon，bigmemoryExtras，bioassayR，biobtreeR，bioCancer，BiocCheck，BiocDockerManager，BiocFileCache，BiocIO，BiocMetaWorkflow，BiocNeighbors，BiocOncoTK，BioCor，BiocParallel，BiocPkgTools，BiocSet，BiocSingular，BiocSklearn，biocthis，biomaRt，biomformat，BioMM，biosigner，biotmle，BitSeq，blacksheepr，blima，blimaTestingData，BloodCancerMultiOmics2017，咆哮，bnbc，bodymapRat，brainflowprobes，BrainSABER，分歧点，breakpointR，breakpointRdata，brendaDb，BRGenomics，BridgeDbR，BrowserViz，bsseq，BUMHMM，BumpyMatrix，BUScorrect，BUSpaRse，咖啡馆，CAGEfightR，篮球选手，CAGEWorkflow，CancerInSilico，萤石，红衣主教，CardinalWorkflows，催化剂，cbaf，cBioPortalData，ccfindR，ccrepe，celda，CellaRepertorium，cellbaseR，CellBench，celldex，cellity，CellMapper，CellMapperData，CellMixS，cellTree，censcyt，CexoR，cfDNAPro，ChemmineDrugs，ChemmineOB，ChemmineR，芝加哥，ChIPComp，chipenrich，chipenrich.data，ChIPexoQual，ChIPpeakAnno，ChIPQC，chipseqDB，chipseqDBData，ChIPSeqSpike，ChromSCape，chromstaR，chromswitch，CiteFuse，ClassifyR，cleanUpdTSeq，切肉刀，限幅器，CLLmethylation，clusterExperiment，clusterSeq，ClusterSignificance，clustifyr，clustifyrdatahub，cmapR，cn，CNVRanger，可可，CoGAPS，彗星，compcodeR，承认，consensusOV，consensusSeekeR，CONSTANd，contiBAIT，conumee，CopyhelpeR，CopyNeutralIMA，CopyNumberPlots，文案，警戒线，CoRegNet，CoreGx，科拉尔，coseq，COSMIC.67，cosmiq，CountClust，covRNA，cpvSNP，CRISPRseek，CrispRVariants，csaw，csawUsersGuide，CSSQ，ctgGEM，ctsGE，curatedBladderData，curatedCRCData，curatedMetagenomicData，curatedOvarianData，curatedTCGAData，customCMPdb，cydar，cytofast，cytomapper，CytoTree，dada2，dagLogo，DAMEfinder，DaMiRseq，DAPAR，dasper，dcanr，ddPCRclust，debCAM，decompTumor2Sig，decontam，反编排，DEGreport，DelayedArray，DelayedMatrixStats，densvis，部，服饰，depmap，DEqMS，derfinder，derfinderData，derfinderHelper，derfinderPlot，DEScan2，DEWSeq，DEXSeq，DIAlignR，DiffBind，diffcyt，diffuStats，不和谐的，dittoSeq，DmelSGI，DMRScan，dmrseq，DNABarcodeCompatibility，DNABarcodes，doppelgangR，多萝西娅，Doscheda，定量给料器，drawProteins，DRIMSeq，DropletTestFiles，DropletUtils，DSS，DuoClustering2018，dupRadar，easyreporting，easyRNASeq，EBImage，EDASeq，EGSEA，EGSEA123，eiR，eisaR，埃尔默，ELMER.data，EmpiricalBrownsMethod，EnrichmentBrowser，ensembldb，EpiDISH，EpiTxDb，EpiTxDb.Hs.hg38，EpiTxDb.Mm.mm10，EpiTxDb.Sc.sacCer3，epivizr，epivizrChart，epivizrData，epivizrServer，epivizrStandalone，eQTL，erma，ERSSA，逃避，EuPathDB，evaluomeR，EventPointer，ExperimentHub，ExperimentHubData，ExperimentSubset，ExploreModelMatrix，ExpressionNormalizationWorkflow，FamAgg，famat，FastqCleaner，fCCAC，fCI，fcScan，小伙子，FilterFFPE，FindMyFriends，flowAI，flowcatchR，flowGraph，flowMap，FlowSOM，flowSpecs，fmcsR，弗雷泽，furrowSeg，GA4GHclient，GA4GHshiny，空对空导弹，gcapc，GCSConnection，GCSFilesystem，GDSArray，genbankr，GeneAccord，GeneExpressionSignature，genefilter，genefu，GeneNetworkBuilder，GeneOverlap，geneplast，generegulation，《创世纪》，GeneStructureTools，GeneTonic，GenoGAM，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicDataCommons，GenomicDistributions，GenomicDistributionsData，GenomicFeatures，GenomicFiles，GenomicInteractions，GenomicRanges，GenomicScores，GenomicState，GenomicTuples，genoset，GenVisR，GeuvadisTranscriptExpr，ggbio，GGPA，GladiaTOX，Glimma，glmGamPoi，glmSparseNet，gmoviz，GMRP，GOexpress，GOfuncR，还装有，goSTAG，gpart软件，gpuMagic，葡萄，石墨，GreyListChIP，GRmetrics，groHMM，GSAR，GSE62944，GSEABase，GSEABenchmarkeR，GSEAmining，GSgalgoR，GUIDEseq，Gviz，GWAS。贝叶斯，gwascat，gwasurvivr，GWENA，哈曼，HarmanData，HCABrowser，HCAData，HCAExplorer，HCAMatrixBrowser，HD2013SGI，HDCytoData，HDF5Array，HelloRanges，HelloRangesData，爬虫，HiCBricks，HighlyReplicatedRNASeq，highthroughputassays，Hiiragi2013，希尔达，hipathia，HIREewas，HiTC，HMP16SData，HMP2Data，HPAanalyze，hpAnnot，hpar，HTSFilter，HumanAffyData，HumanTranscriptomeCompendium，理想的，iGC，IgGeneUsage，igvR，IHW，IHWpaper，illuminaio，imageHTS，ima，Imetagene，immunoClust，infercnv，InPAS，检查，InTAD，InteractionSet，InterMineR，电离，IRanges，ISAnalytics，iSEE，iSEEu，isomiRs，iva，JctSeqData，karyoploteR，kissDE，花边，ldblock，lefser，liftOver，LinkHD，Linnorm，lipidr，loci2path，萝拉，LoomExperiment，LowMACA，lpsymphony，LRBaseDbi，MACPET，made4，maEndToEnd，MAGeCKFlute，mAPKL，马尔，微波激射器，桅杆，MatrixRider，事，工商管理硕士，mbkmeans，mbt，MCbiclust，mCSEA，mCSEAdata，mdgsa，餐，肉，MEB，MEDIPS，megadepth，墨西拿，metabolomicsWorkbenchR，MetaboSignal，metagene，metagene2，metagenomeFeatures，MetaGxPancreas，metapod，metavizr，methimpute，methInheritSim，MethPed，MethReg，MethylAid，MethylAidData，methylCC，methylInheritance，MethylMix，MethylSeqData，methylSig，MetNet，mfa，微生物组，MIGSA，mimager，minfi，minionSummaryData，米拉，miRcomp，miRmine，miRSM，miRspongeR，missMethyl，missRows，mixOmics，MLSeq，MMAPPR2，MMAPPR2data，MMDiff2，MMUPHin，moanin，这种款式，Modstrings，MOGAMUN，mogsa，现代艺术博物馆，MoonlightR，MOSim，motifbreakR，MotifDb，motifStack，MouseFM，MouseGastrulationData，mpra，MsCoreUtils，MSEADbi，msImpute，MSMB，MSnbase，MSPrep，msPurity，msqc1，MSstats，MSstatsBioData，MSstatsPTM，MSstatsSampleSize，MSstatsTMT，MSstatsTMTPTM，MultiAssayExperiment，MultiBaC，multicrispr，MultiDataSet，multiGSEA，multiHiCcompare，multiMiR，mumosa，马斯喀特，muscData，musicatk，MutationalPatterns，MWASTools，mygene，myvariant，mzR，NADfinder，NanoStringDiff，NanoStringQCPro，纳米管，NBSplice，ncGTW，ncRNAtools，ndexr，Nebulosa，NestLink，netbiov，netboxr，nethet，NetPathMiner，netprioR，netSmooth，NewWave，ngsReports，nondetects，NormalyzerDE，normr，NPARC，npGSEA，nucleoSim，诊断，益生元，omicade4，omicRexposome，omicsPrint，Omixer，OmnipathR，奥纳西斯，OnassisJavaLibs，OncoScore，OncoSimulR，ontoProc，optimalFlow，optimalFlowData，OPWeight，ORFik，Organism.dplyr，Oscope，先驱者，OVESEG，PAA，packFinder，莲花，PAIRADISE，PANTHER.db，PanVizGenerator，parathyroidSE，parglms，拙劣的模仿，pasilla，PasillaTranscriptExpr，Path2PPI，paxtoolsr，pcaExplorer，PCAN，PCHiCdata，PeacoQC，peakPantheR，PepsNMR，PepsNMRData，perturbatr，phantasus，phenopath，philr，phyloseq，π，钢琴，Pigengene，pipeComp，plethy，plotGrouper，plyranges，pmp，Polyfit，POMA，PoTRA，powerTCR，pqsfinder，婴儿车，preciseTAD，preciseTADhub，PrecisionTrialDrawer，王子，profileplyr，profileScoreDist，后代，projectR，pRoloc，pRolocGUI，适当的，Prostar，蛋白质组学，ProteomicsAnnotationHubData，ProteoMM，PSEA，PureCN，PWMEnrich，qcmetrics，QDNAseq，QFeatures，qpgraph，qsea，qsmooth，QSutils，Qtlizer，quantro，QuasR，R3CPET，RadioGx，RaggedExperiment，雨，ramwas，RandomWalkRestartMH，randRotation，rat2302frmavecs，Rbowtie，Rcade，rcellminer，rcellminerData，rCGH，RcisTarget，Rcwl，RcwlPipelines，RCy3，RCyjs，rDGIdb，ReactomePA，重新计票，recount3，recountmethylation，recountWorkflow，收回，红色的，地区，regsplice，regutools，ReQON，ResidualMatrix，restfulSE，rexposome，rfaRm，Rfastp，RforProteomics，rfPred，RGMQL，RGMQLlib，RGraph2js，RGSEA，rhdf5，rhdf5client，rhdf5filters，Rhdf5lib，Rhisat2，Rhtslib，RiboProfiling，riboSeqR，ribosomeProfilingQC，河，RJMCMCNucleosomes，RMassBank，RNAmodR，RNAmodR。AlkAnilineSeq，RNAmodR。数据，RNAmodR。毫升，RNAmodR。RiboMethSeq，RNAprobR，RNAseq123，rnaseqcomp，RnaSeqSampleSize，RnaSeqSampleSizeData，Rnits，ROCpAI，的方式，ropls，rpx，rqt，rrvgo，Rsamtools，rScudo，rsem，rSWeeP，RTCGAToolbox，研制，RTNduals，RTNsurvival，Rtpca，RUVSeq，旅游房车，rWikiPathways，S4Vectors，samExploreR，sampleClassifier，sangerseqR，ScaledMatrix，嘘，scCB2，scClassify，scDblFinder，scDD，scds，scFeatureFilter，SCLCBam，scMerge，SCnorm，司康饼，scoreInvHap，scp，scPCA，食物，scRepertoire，scRNAseq，颈背，天窗，segmentSeq，selectKSigs，seqCAT，SeqGate，seqLogo，seqPattern，seqplots，seqsetvis，SeqSQC，测序，SeqVarTools，芝麻，SEtools，sevenC，SGSeq，SharedObject，shinyMethyl，ShortRead，SIAMCAT，SigCheck，SigFuge，signatureSearch，SigsPack，SIMD，SimFFPE，similaRpeak，SIMLR，simulatorZ，sincell，Single.mTEC.Transcriptomes，SingleCellExperiment，singleCellTK，单，SingscoreAMLMutations，sitePath，弹弓，紧身的，SMAD，snapcount，一口，SNPediaR，SNPhood，SNPhoodData，soGGi，寄居，sparseDOSSA，sparseMatrixStats，sparsenetgls，SparseSignatures，SpatialCPie，spatialHeatmap，spatialLIBD，specL，光谱，SpectralTAD，spicyR，SpidermiR，飞溅，分裂，splots，spqn，SPsimSeq，sRACIPE，SSPA，经验丰富的人，斯坦，StarBioTrek，STATegRa，statTarget，strandCheckR，结构体，Structstrings，structToolbox，SubCellBarCode，SummarizedBenchmark，SummarizedExperiment，股东价值分析，swfdr，switchde，synapter，systemPipeR，systemPipeRdata，systemPipeShiny，TabulaMurisData，TADCompare，TargetSearch，鞑靼，TBSignatureProfiler，TCGAbiolinks，TCGAbiolinksGUI，TCGAbiolinksGUI.data，TCGAutils，TENxBrainData，TENxBUSData，TENxPBMCData，TFARM，TFBSTools，TFHAZ，TFutils，tidybulk，tidySingleCellExperiment，tidySummarizedExperiment，tigre，TileDBArray，timecoursedata，timeOmics，TimerQuant，tissueTreg，TMExplorer，TMixClust，烤面包，但在，ToPASeq，topconfects，topdownr，ToxicoGx，泛太平洋伙伴关系，tracktables，trackViewer，transcriptogramer，transcriptR，transomics2cytoscape，tra利用，TreeAndLeaf，TreeSummarizedExperiment，时尚的，tRNA，tRNAdbImport，tRNAscanImport，TRONCO，TTMap，TurboNorm，TVTB，twoddpcr，Ularcirc，UMI4Cats，uncoverappLib，UniProt.ws，variancePartition，VariantAnnotation，VariantFiltering，变体，VariantToolsData，VCFArray，伶盗龙，左页，vidger，ViSEAGO，vsn，wavClusteR，weitrix，个字，XBSeq，xcms，Xeva，山药，YAPSA，zebrafishRNASeq，zellkonverter，zinbwave
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BiocStyle_2.19.1.tar.gz
Windows二进制	BiocStyle_2.19.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	BiocStyle_2.19.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocStyle
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiocStyle
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiocStyle/
软件包下载报告	下载数据