BiocSingular

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiocSingular

这是发展BiocSingular版本;稳定版请参见BiocSingular．

生物导体包的奇异值分解

Bioconductor版本:开发(3.14)

实现精确和近似的方法，用于奇异值分解和主成分分析，在一个框架中，允许它们在Bioconductor包或工作流中轻松切换。在可能的情况下，使用BiocParallel框架实现并行化。

作者:Aaron Lun [aut, cre, cph]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BiocSingular")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BiocSingular”)

超文本标记语言	R脚本	1.SVD和PCA
超文本标记语言	R脚本	2.矩阵类
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DimensionReduction，PrincipalComponent，软件
版本	1.9.1
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	BiocGenerics，S4Vectors，矩阵，方法，utils，DelayedArray，BiocParallel，ScaledMatrix，irlba，rsvd，Rcpp，beachmat
链接	Rcpp，beachmat
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，ResidualMatrix
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/LTLA/BiocSingular
BugReports	https://github.com/LTLA/BiocSingular/issues
全靠我	compartmap
进口我	后面;，BayesSpace，clusterExperiment，GSVA，miloR，mumosa，NewWave，PCAtools，嘘，scDblFinder，scMerge，食物，用水晶球占卜，单，伶盗龙
建议我	HCAData，ResidualMatrix，ScaledMatrix，飞溅
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BiocSingular_1.9.1.tar.gz
Windows二进制	BiocSingular_1.9.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	BiocSingular_1.9.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocSingular
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiocSingular
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiocSingular/
软件包下载报告	下载数据