BiocNeighbors

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiocNeighbors

这是发展BiocNeighbors版本;稳定的发布版本,请参阅BiocNeighbors。

最近邻检测Bioconductor包

Bioconductor版本:发展(3.17)

实现了精确和近似最近邻方法检测,在一个框架内,让他们很容易切换Bioconductor包或工作流。精确搜索可以使用再邻居的k - means算法执行或与优势树。近似搜索可以使用激怒或HNSW库。支持搜索欧几里得或曼哈顿距离。通过使用BiocParallel并行实现的所有方法。功能还提供了搜索所有的邻居在一个给定的距离。

作者:亚伦Lun (cre, aut cph]

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“BiocNeighbors”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BiocNeighbors”)

HTML	R脚本	1。检测准确最近的邻居
HTML	R脚本	2。检测近似最近的邻居
HTML	R脚本	3所示。检测邻居范围内
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,聚类,软件
版本	1.17.1
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	Rcpp,S4Vectors,BiocParallel、统计数据、方法矩阵
链接	Rcpp,RcppHNSW
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,模糊神经网络,RcppAnnoy,RcppHNSW
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我	OSCA。先进,OSCA。工作流,SingleRBook
进口我	后面;,咆哮,CellMixS,cydar,imcRtools,miloR,mumosa,嘘,scDblFinder,UCell
建议我	TrajectoryUtils,TSCAN
我的链接	单
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BiocNeighbors_1.17.1.tar.gz
Windows二进制	BiocNeighbors_1.17.1.zip
macOS二进制(x86_64)	BiocNeighbors_1.17.1.tgz
macOS二进制(arm64)	BiocNeighbors_1.17.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocNeighbors
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiocNeighbors
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BiocNeighbors/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiocNeighbors/
包下载报告	下载数据