这是发展BiocIO版本;稳定版请参见BiocIO.
Bioconductor版本:开发(3.14)
实现' import() '和' export() '标准泛型,用于导入和导出生物数据格式。' import() '既支持整文件导入,也支持块迭代导入。' import() '接口可选地提供了一种标准机制,用于通过' filter() '(针对文件资源的行或类元素组件)、' select() '(针对文件资源的类列组件)和' collect() '进行'惰性'访问。' import() '接口可选地提供对远程(例如通过https)以及本地访问的透明访问。bob电竞体育官网开发人员可以注册一个文件扩展名,例如,'。loom '用于根据表示文件类型的类(例如' LoomFile() ')将基于字符的uri分派到特定的' import() ' / ' export() '方法。
作者:Martin Morgan [aut], Michael Lawrence [aut], Daniel Van Twisk [aut], Bioconductor Package Maintainer [cre]
维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>
引文(从R内,输入引用(“BiocIO”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BiocIO")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“BiocIO”)
超文本标记语言 | R脚本 | BiocIO |
参考手册 |
biocViews | 注释,DataImport,软件 |
版本 | 1.3.0 |
在Bioconductor | BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 4.0) |
进口 | BiocGenerics,S4Vectors、方法、工具 |
链接 | |
建议 | testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/Bioconductor/BiocIO/issues |
全靠我 | LoomExperiment |
进口我 | BiocSet,GenomicFeatures,rtracklayer |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | BiocIO_1.3.0.tar.gz |
Windows二进制 | BiocIO_1.3.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | BiocIO_1.3.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocIO |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiocIO |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/BiocIO/ |
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