BiocIO

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiocIO

这是发展BiocIO版本;稳定版请参见BiocIO．

生物导体封装的标准输入和输出

Bioconductor版本:开发(3.14)

实现' import() '和' export() '标准泛型，用于导入和导出生物数据格式。' import() '既支持整文件导入，也支持块迭代导入。' import() '接口可选地提供了一种标准机制，用于通过' filter() '(针对文件资源的行或类元素组件)、' select() '(针对文件资源的类列组件)和' collect() '进行'惰性'访问。' import() '接口可选地提供对远程(例如通过https)以及本地访问的透明访问。bob电竞体育官网开发人员可以注册一个文件扩展名，例如，'。loom '用于根据表示文件类型的类(例如' LoomFile() ')将基于字符的uri分派到特定的' import() ' / ' export() '方法。

作者:Martin Morgan [aut]， Michael Lawrence [aut]， Daniel Van Twisk [aut]， Bioconductor Package Maintainer [cre]

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BiocIO")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BiocIO”)

超文本标记语言	R脚本	BiocIO
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释，DataImport，软件
版本	1.3.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)
进口	BiocGenerics，S4Vectors、方法、工具
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Bioconductor/BiocIO/issues
全靠我	LoomExperiment
进口我	BiocSet，GenomicFeatures，rtracklayer
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BiocIO_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	BiocIO_1.3.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	BiocIO_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocIO
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiocIO
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiocIO/
软件包下载报告	下载数据