BiocIO

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiocIO

这是发展BiocIO版本;稳定版请参见BiocIO

生物导体封装的标准输入和输出

Bioconductor版本:开发(3.14)

实现' import() '和' export() '标准泛型,用于导入和导出生物数据格式。' import() '既支持整文件导入,也支持块迭代导入。' import() '接口可选地提供了一种标准机制,用于通过' filter() '(针对文件资源的行或类元素组件)、' select() '(针对文件资源的类列组件)和' collect() '进行'惰性'访问。' import() '接口可选地提供对远程(例如通过https)以及本地访问的透明访问。bob电竞体育官网开发人员可以注册一个文件扩展名,例如,'。loom '用于根据表示文件类型的类(例如' LoomFile() ')将基于字符的uri分派到特定的' import() ' / ' export() '方法。

作者:Martin Morgan [aut], Michael Lawrence [aut], Daniel Van Twisk [aut], Bioconductor Package Maintainer [cre]

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内,输入引用(“BiocIO”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BiocIO")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“BiocIO”)

超文本标记语言 R脚本 BiocIO
PDF 参考手册

细节

biocViews 注释DataImport软件
版本 1.3.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.0)
进口 BiocGenericsS4Vectors、方法、工具
链接
建议 testthatknitrrmarkdownBiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/Bioconductor/BiocIO/issues
全靠我 LoomExperiment
进口我 BiocSetGenomicFeaturesrtracklayer
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 BiocIO_1.3.0.tar.gz
Windows二进制 BiocIO_1.3.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) BiocIO_1.3.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocIO
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiocIO
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BiocIO/
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