BioPlex

DOI:10.18129 / B9.bioc.BioPlex

这是发展BioPlex版本;稳定的发布版本,请参阅BioPlex

R-side访问BioPlex蛋白质相互作用数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

BioPlex包实现访问BioPlex蛋白质相互作用网络和相关资源在r .除了蛋白质交互网络HEK293和HCT116细胞,这包括乔鲁姆蛋白质复杂的数据访问、和转录组和蛋白质组数据的两个细胞系。功能集中在导入各种数据资源并将它们存储在专用Bioconductor数据结构,作为下游综合基础数据的分析。

作者:路德维希Geistlinger (aut (cre),罗伯特先生(aut)

维护人员:路德维希Geistlinger < ludwig_geistlinger hms.harvard.edu >

从内部引用(R,回车引用(“BioPlex”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“BioPlex”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BioPlex”)

HTML R脚本 1。数据检索
HTML R脚本 2。数据检查
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImport,DataRepresentation,GeneExpression,GraphAndNetwork,MassSpectrometry,网络,蛋白质组学,软件,转录组
版本 1.3.1
Bioconductor自 BioC 3.14 (r - 4.1)(0.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 4.1.0),SummarizedExperiment
进口 BiocFileCache,GenomicRanges,GenomeInfoDb,GEOquery,、方法、跑龙套
链接
建议 AnnotationDbi,AnnotationHub,BiocStyle,ExperimentHub,GenomicFeatures,S4Vectors,depmap,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ccb-hms/BioPlex
BugReports https://github.com/ccb-hms/BioPlex/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 BioPlex_1.3.1.tar.gz
Windows二进制 BioPlex_1.3.1.zip
macOS 10.13(高山脉) BioPlex_1.3.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BioPlex
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BioPlex
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BioPlex/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网