Bionero

doi:10.18129/b9.bioc.bionero

这是发展Bionero的版本;对于稳定版本,请参阅Bionero

生物网络重建综合

生物导体版本:开发(3.16)

Bionero旨在将生物网络推断的各个方面集成到单个软件包中,包括数据预处理,探索性分析,网络推断和生物学解释分析。Bionero可用于从基因表达数据中推断基因共表达网络(GCN)和基因调节网络(GRN)。此外,它可用于探索蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPI)网络的拓扑特性。GCN推断依赖于流行的WGCNA算法。GRN推论基于“人群的智慧”原理,该原理包括用多种算法推断GRN(在此,CLR,Genie3和Aracne),并计算每个相互作用对的平均等级。由于此软件包中包括网络分析的所有步骤,Bionero使用户避免学习多个软件包的语法以及如何在它们之间进行通信。最后,用户还可以识别跨独立表达式集的共识模块,并计算不同网络之间的内部和间隙模块保存统计。

作者:Fabricio Almeida-Silva [Cre,Aut],Thiago Venancio [aut]

维护者:fabricio almeida-silva

引用(从r内,输入引用(“ bionero”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(decon ='devel')biocmanager :: install(“ bionero”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Bionero”)

html R脚本 基因共表达网络推断
html R脚本 基因调节网络推断与bionero
html R脚本 网络比较:共识模块和模块保存
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 基因表达,,,,结肠管制,,,,GraphandNetwork,,,,网络,,,,预处理,,,,软件,,,,系统生物学
版本 1.5.0
在生物导体中 Bioc 3.13(R-4.1)(1年)
执照 GPL-3
要看 R(> = 4.1)
进口 WGCNA,,,,DynamiCtreCut,,,,矩阵,,,,deseq2,,,,SVA,,,,rcolorbrewer,,,,复杂的图像,,,,GGPLOT2,,,,RESHAPE2,,,,Igraph,,,,ggnetwork,,,,间图,,,,NetworkD3,,,,ggnewscale,,,,ggpubr,,,,Netrep,统计,grdevices,图形,utils,方法,生物比较,,,,模丝,,,,Genie3,,,,总结性特征
链接
建议 尼特,,,,rmarkDown,,,,测试(> = 3.0.0),生物使用,,,,COVR
系统要求
增强
URL https://github.com/almeidasilvaf/bionero
BugReports https://github.com/almeidasilvaf/bionero/issues
取决于我
进口我 Cageminer
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 bionero_1.5.0.tar.gz
Windows二进制 bionero_1.5.0.zip(仅64位)
MacOS 10.13(高山脉) bionero_1.5.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bionero
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/bionero
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/bionero/
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