Bionero

doi：10.18129/b9.bioc.bionero

这是发展Bionero的版本；对于稳定版本，请参阅Bionero。

生物网络重建综合

生物导体版本：开发（3.16）

Bionero旨在将生物网络推断的各个方面集成到单个软件包中，包括数据预处理，探索性分析，网络推断和生物学解释分析。Bionero可用于从基因表达数据中推断基因共表达网络（GCN）和基因调节网络（GRN）。此外，它可用于探索蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）网络的拓扑特性。GCN推断依赖于流行的WGCNA算法。GRN推论基于“人群的智慧”原理，该原理包括用多种算法推断GRN（在此，CLR，Genie3和Aracne），并计算每个相互作用对的平均等级。由于此软件包中包括网络分析的所有步骤，Bionero使用户避免学习多个软件包的语法以及如何在它们之间进行通信。最后，用户还可以识别跨独立表达式集的共识模块，并计算不同网络之间的内部和间隙模块保存统计。

作者：Fabricio Almeida-Silva [Cre，Aut]，Thiago Venancio [aut]

维护者：fabricio almeida-silva

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ bionero”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Bionero”）

html	R脚本	基因共表达网络推断
html	R脚本	基因调节网络推断与bionero
html	R脚本	网络比较：共识模块和模块保存
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	基因表达，，，，结肠管制，，，，GraphandNetwork，，，，网络，，，，预处理，，，，软件，，，，系统生物学
版本	1.5.0
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（1年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.1）
进口	WGCNA，，，，DynamiCtreCut，，，，矩阵，，，，deseq2，，，，SVA，，，，rcolorbrewer，，，，复杂的图像，，，，GGPLOT2，，，，RESHAPE2，，，，Igraph，，，，ggnetwork，，，，间图，，，，NetworkD3，，，，ggnewscale，，，，ggpubr，，，，Netrep，统计，grdevices，图形，utils，方法，生物比较，，，，模丝，，，，Genie3，，，，总结性特征
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试（> = 3.0.0），生物使用，，，，COVR
系统要求
增强
URL	https://github.com/almeidasilvaf/bionero
BugReports	https://github.com/almeidasilvaf/bionero/issues
取决于我
进口我	Cageminer
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	bionero_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	bionero_1.5.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	bionero_1.5.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bionero
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/bionero
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/bionero/
软件包下载报告	下载统计