BindingSiteFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.BindingSiteFinder

这是发展BindingSiteFinder版本;稳定版请参见BindingSiteFinder．

基于iCLIP数据的绑定站点定义

Bioconductor版本:开发(3.17)

精确了解rna结合蛋白(RBP)的结合位点是理解(后)转录调控过程的关键。在这里，我们提出一个工作流，描述如何从iCLIP数据定义精确的绑定位点。该包提供了绑定站点定义和结果可视化的函数。详情请参见小插图。

作者:Mirko Brüggemann [aut, cre]，凯西·扎纳克[au]

维护者:Mirko Brüggemann < Mirko。Brueggemann在mail.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BindingSiteFinder")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BindingSiteFinder”)

超文本标记语言	R脚本	从iCLIP信号定义结合位点
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DataImport，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneRegulation，测序，软件
版本	1.5.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GenomicRanges， r (>= 4.2)
进口	tidyr，宠物猫，dplyr，plyr，matrixStats统计数据,ggplot2、方法、rtracklayer，S4Vectors，ggforce，GenomeInfoDb，Gviz
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，GenomicAlignments，ComplexHeatmap，forcats，尺度
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ZarnackGroup/BindingSiteFinder/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BindingSiteFinder_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	BindingSiteFinder_1.5.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	BindingSiteFinder_1.5.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	BindingSiteFinder_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BindingSiteFinder
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BindingSiteFinder
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BindingSiteFinder/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BindingSiteFinder/
软件包下载报告	下载数据