BindingSiteFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.BindingSiteFinder

这是发展BindingSiteFinder版本;稳定版请参见BindingSiteFinder

基于iCLIP数据的绑定站点定义

Bioconductor版本:开发(3.17)

精确了解rna结合蛋白(RBP)的结合位点是理解(后)转录调控过程的关键。在这里,我们提出一个工作流,描述如何从iCLIP数据定义精确的绑定位点。该包提供了绑定站点定义和结果可视化的函数。详情请参见小插图。

作者:Mirko Brüggemann [aut, cre],凯西·扎纳克[au]

维护者:Mirko Brüggemann < Mirko。Brueggemann在mail.de>

引文(从R内,输入引用(“BindingSiteFinder”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BindingSiteFinder")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“BindingSiteFinder”)

超文本标记语言 R脚本 从iCLIP信号定义结合位点
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 报道DataImportFunctionalGenomicsGeneExpressionGeneRegulation测序软件
版本 1.5.0
在Bioconductor bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 GenomicRanges, r (>= 4.2)
进口 tidyr宠物猫dplyrplyrmatrixStats统计数据,ggplot2、方法、rtracklayerS4VectorsggforceGenomeInfoDbGviz
链接
建议 testthatBiocStyleknitrrmarkdownGenomicAlignmentsComplexHeatmapforcats尺度
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/ZarnackGroup/BindingSiteFinder/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 BindingSiteFinder_1.5.0.tar.gz
Windows二进制 BindingSiteFinder_1.5.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) BindingSiteFinder_1.5.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) BindingSiteFinder_1.5.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BindingSiteFinder
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BindingSiteFinder
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/BindingSiteFinder/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BindingSiteFinder/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网