BiSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiSeq

这是发展BiSeq版本;稳定版请参见BiSeq．

亚硫酸氢盐测序数据的处理和分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

BiSeq包提供了有用的类和函数来处理和分析靶向亚硫酸氢盐测序(BS)数据，如还原表示亚硫酸氢盐测序(RRBS)数据。特别是，它实现了一种检测差异甲基化区域(DMRs)的算法。该包从一个或多个样本中获取已经对齐的BS数据。

作者:Katja Hebestreit, Hans-Ulrich Klein

维护者:Katja Hebestreit < Katja。Hebestreit在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BiSeq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation，遗传学，MethylSeq，测序，软件
版本	1.39.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(10年)
许可证	LGPL-3
取决于	R(>= 2.15.2)，方法，S4Vectors，IRanges(> = 1.17.24),GenomicRanges，SummarizedExperiment(> = 0.2.0),公式
进口	方法,BiocGenerics，Biobase，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，SummarizedExperiment，rtracklayer平行,betareg，lokern，公式，globaltest
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	RRBSdata
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiSeq/
软件包下载报告	下载数据