BiGGR

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiGGR

这是发展BiGGR版本;稳定版请参见BiGGR．

在R中使用代谢重建数据库进行基于约束的建模

Bioconductor版本:开发(3.17)

这个包提供了一个接口来模拟来自BiGG数据库(http://bigg.ucsd.edu/)和其他代谢重建数据库的代谢重建。该软件包便于通量平衡分析(FBA)和可行通量分布的采样。代谢网络和估计通量可以用超图可视化。

作者:Anand K. Gavai, Hannes Hettling

维护者:Anand K. Gavai < Anand。Gavai研究生物信息学。nl>， Hannes Hettling < Hannes。Hettling在naturalist, nl>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BiGGR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BiGGR”)

PDF	R脚本	BiGGR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GraphAndNetwork，代谢组学，网络，通路，软件，系统生物学，可视化
版本	1.35.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(9.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 2.14.0)，rsbml，hyperdraw，LIM，stringr
进口	超图，limSolve
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BiGGR_1.35.0.tar.gz
Windows二进制	BiGGR_1.35.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiGGR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiGGR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BiGGR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiGGR/
软件包下载报告	下载数据