BiFET

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiFET

这是发展BiFET版本;稳定版请参见BiFET

无偏差足迹富集测试

Bioconductor版本:开发(3.17)

在校正了目标区域和背景区域之间读取计数和GC含量不平衡引起的偏差后,BiFET识别出目标区域与背景区域相比足迹过度代表的tf。对于给定的TF k, BiFET测试零假设,即目标区域具有与背景区域相同的TF k足迹概率,同时校正读取计数和GC内容偏差。为此,我们使用TF k, t_k具有足迹的目标区域的数量作为检验统计量,并计算p值作为在零假设下观察到t_k或更多具有足迹的目标区域的概率。

作者:Ahrim Youn [aut, cre], Eladio Marquez [aut], Nathan Lawlor [aut], Michael Stitzel [aut], Duygu Ucar [aut]

维护者:Ahrim Youn

引文(从R内,输入引用(“BiFET”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BiFET")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“BiFET”)

超文本标记语言 R脚本 BiFET使用指南
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文本 新闻

细节

biocViews ATACSeqDNaseSeq表观遗传学GeneRegulation遗传学ImmunoOncologyRIPSeq软件转录
版本 1.19.0
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.5.0)
进口 统计数据,poibinGenomicRanges
链接
建议 rmarkdowntestthatknitr
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增强了
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 BiFET_1.19.0.tar.gz
Windows二进制 BiFET_1.19.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) BiFET_1.19.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) BiFET_1.19.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiFET
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiFET
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/BiFET/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BiFET/
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