BgeeDB

DOI:10.18129 / B9.bioc.BgeeDB

这是发展BgeeDB版本;稳定版请参见BgeeDB

Bgee数据库注释与基因表达数据检索。TopAnat,一个用于UBERON本体的解剖实体丰富分析工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

从Bgee数据库下载注释和基因表达数据包,并进行TopAnat分析:go样富集解剖术语,通过表达模式映射到基因。

作者:Andrea Komljenovic [aut, cre], Julien Roux [aut, cre]

维护者:Julien Wollbrett < Julien。沃布雷特在unil。ch>, Julien Roux < Julien。unibas的Roux。ch>, Andrea Komljenovic < andariakomljenovic at gmail.com>, Frederic Bastian

引文(从R内,输入引用(“BgeeDB”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BgeeDB")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“BgeeDB”)

超文本标记语言 R脚本 BgeeDB,一个R包,用于检索策划表达数据集和基因列表富集测试
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DataImportGeneExpressionGeneSetEnrichment微阵列测序软件
版本 2.25.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (>= 3.6.0),topGOtidyr
进口 R.utilsdata.table旋度RCurl消化,方法,统计,utils,dplyrRSQLiteBiobase
链接
建议 knitrBiocStyletestthatrmarkdown减价
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/BgeeDB/BgeeDB_R
BugReports https://github.com/BgeeDB/BgeeDB_R/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 BgeeDB_2.25.0.tar.gz
Windows二进制 BgeeDB_2.25.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) BgeeDB_2.25.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) BgeeDB_2.25.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BgeeDB
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BgeeDB
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/BgeeDB/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BgeeDB/
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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网