BgeeDB

DOI:10.18129 / B9.bioc.BgeeDB

这是发展BgeeDB版本;稳定版请参见BgeeDB．

Bgee数据库注释与基因表达数据检索。TopAnat，一个用于UBERON本体的解剖实体丰富分析工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

从Bgee数据库下载注释和基因表达数据包，并进行TopAnat分析:go样富集解剖术语，通过表达模式映射到基因。

作者:Andrea Komljenovic [aut, cre]， Julien Roux [aut, cre]

维护者:Julien Wollbrett < Julien。沃布雷特在unil。ch>， Julien Roux < Julien。unibas的Roux。ch>， Andrea Komljenovic < andariakomljenovic at gmail.com>， Frederic Bastian

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BgeeDB")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BgeeDB”)

超文本标记语言	R脚本	BgeeDB，一个R包，用于检索策划表达数据集和基因列表富集测试
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，微阵列，测序，软件
版本	2.25.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)，topGO，tidyr
进口	R.utils，data.table，旋度，RCurl，消化，方法，统计，utils，dplyr，RSQLite，图，Biobase
链接
建议	knitr，BiocStyle，testthat，rmarkdown，减价
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BgeeDB/BgeeDB_R
BugReports	https://github.com/BgeeDB/BgeeDB_R/issues
全靠我
进口我	psygenet2r，日坛
建议我	日坛
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BgeeDB_2.25.0.tar.gz
Windows二进制	BgeeDB_2.25.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	BgeeDB_2.25.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	BgeeDB_2.25.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BgeeDB
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BgeeDB
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BgeeDB/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BgeeDB/
软件包下载报告	下载数据