BayesSpace

DOI:10.18129 / B9.bioc.BayesSpace

这是发展BayesSpace版本;稳定的发布版本,请参阅BayesSpace。

聚类和空间分辨率增强转录组

Bioconductor版本:发展(3.17)

聚类的工具,提高空间分辨率的基因表达实验。BayesSpace集群的低维表示基因表达矩阵,将一个空间之前鼓励邻近的点聚集在一起。的方法可以提高分辨率低维表示成“sub-spots”,如基因表达和细胞类型的功能成分可以估算。

作者:爱德华赵(aut),马特•斯通(aut (cre)邢任(施),拉斐尔Gottardo(施)

维护人员:马特斯通< mstone fredhutch.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“BayesSpace”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BayesSpace”)

HTML	R脚本	BayesSpace
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,DataImport,GeneExpression,ImmunoOncology,SingleCell,软件,转录组
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0),SingleCellExperiment
进口	Rcpp(> = 1.0.4.6),统计数据,purrr,嘘,食物,SummarizedExperiment,coda,rhdf5,S4Vectors,矩阵,为了,mclust,RCurl,DirichletReg,xgboost跑龙套,ggplot2,尺度,BiocFileCache,BiocSingular
链接	Rcpp,RcppArmadillo,RcppDist,RcppProgress
建议	testthat,knitr,rmarkdown,igraph,spatialLIBD,dplyr,冬青,拼接而成,RColorBrewer,修拉
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	edward130603.github.io / BayesSpace
BugReports	https://github.com/edward130603/BayesSpace/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BayesSpace_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	BayesSpace_1.9.0.zip
macOS二进制(x86_64)	BayesSpace_1.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BayesSpace
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BayesSpace
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BayesSpace/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BayesSpace/
包下载报告	下载数据