BatchQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.BatchQC

这是发展BatchQC版本;稳定的发布版本,请参阅BatchQC。

批处理影响质量控制软件

Bioconductor版本:发展(3.18)

测序和微阵列样本经常收集或处理多个批次或在不同的时间。这往往会产生技术偏见,在下游分析中可能会导致不正确的结果。BatchQC是一个软件工具,简化批处理预处理和评价通过提供交互式诊断、可视化和统计分析探讨数据批处理变化的程度影响。BatchQC诊断帮助决定是否批处理需要做调整,和如何应用在继续之前修正下游分析。此外,BatchQC交互式地多个常见的批处理效果的方法适用于数据,和用户可以很快看到每个方法的好处。BatchQC开发作为一个闪亮的应用。输出被组织成多个选项卡,和每个选项卡功能的一个重要组成部分批处理效果的数据分析和可视化。BatchQC界面有以下分析组:摘要、微分表达式,中值相关性,热图,循环系统树图,PCA分析、形状、战斗和股东价值分析。

作者:Solaiappan Manimaran < manimaran_1975 hotmail.com >、w·埃文约翰逊< wej bu.edu >,希瑟·塞尔比< selbyh bu.edu >,克莱尔Ruberman < claireruberman gmail.com >,夸梅Okrah <夸梅。okrah gmail.com >,赫克托耳Corrada布拉沃< hcorrada gmail.com >

维护人员:Solaiappan Manimaran < manimaran_1975 hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“BatchQC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BatchQC”)

HTML		BatchQC_examples
PDF	R脚本	BatchQC_usage_advanced
HTML		BatchQCIntro
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,DifferentialExpression,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,微阵列,预处理,PrincipalComponent,质量控制,RNASeq,测序,软件,可视化
版本	1.29.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(7年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	跑龙套,rmarkdown knitr,迎合,gplots MCMCpack,闪亮的,股东价值分析,时刻corpcor matrixStats、ggvis热图,reshape2,limma、grDevices、图形、数据、方法、矩阵
链接
建议	testthat
SystemRequirements	pandoc从减价生成报告文件(http://pandoc.org/installing.html)。
增强了
URL	https://github.com/mani2012/BatchQC
BugReports	https://github.com/mani2012/BatchQC/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BatchQC_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	BatchQC_1.29.0.zip
macOS二进制(x86_64)	BatchQC_1.29.0.tgz
macOS二进制(arm64)	BatchQC_1.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BatchQC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BatchQC
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BatchQC/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BatchQC/
包下载报告	下载数据