Basic4Cseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.Basic4Cseq

这是发展Basic4Cseq版本;稳定版请参见Basic4Cseq．

Basic4Cseq: R/Bioconductor用于分析4C-seq数据的包

Bioconductor版本:开发(3.17)

Basic4Cseq是一个R/Bioconductor包，用于4C-seq数据的基本过滤、分析和后续可视化。虚拟片段库可以为任何BSGenome包创建，包括读取和片段的过滤功能以及基本的质量控制。在实验视点附近的片段数据可以可视化为基于运行中值方法和多尺度接触剖面的覆盖图。

作者:卡罗琳·沃尔特

维护者:Carolin Walter < Carolin。沃尔特在uni-muenster.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("Basic4Cseq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Basic4Cseq”)

PDF	R脚本	Basic4Cseq: R/Bioconductor用于4C-seq数据分析的软件包
PDF		参考手册

细节

biocViews	对齐，报道，DataImport，ImmunoOncology，质量控制，RNASeq，SequenceMatching，测序，软件，可视化
版本	1.35.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(9年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 3.4)，Biostrings，GenomicAlignments，caTools，GenomicRanges， grDevices，图形，统计，utils
进口	方法,RCircos，BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Basic4Cseq_1.35.0.tar.gz
Windows二进制	Basic4Cseq_1.35.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	Basic4Cseq_1.35.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	Basic4Cseq_1.35.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Basic4Cseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Basic4Cseq
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Basic4Cseq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Basic4Cseq/
软件包下载报告	下载数据