BaalChIP

DOI:10.18129 / B9.bioc.BaalChIP

这是发展BaalChIP版本;稳定版请参见BaalChIP．

BaalChIP:癌症基因组中等位基因特异性转录因子结合的贝叶斯分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

该包提供了处理多个ChIP-seq BAM文件和检测特定于等位基因的事件的功能。计算单个变异的等位基因计数(SNPs/ snv)，实施广泛的QC步骤以去除有问题的变异，并利用贝叶斯框架来识别统计上显著的等位基因特定事件。BaalChIP能够解释两个等位基因之间的拷贝数差异，这是癌症样本的一个已知表型特征。

作者:Ines de Santiago, Wei Liu, Ke Yuan, Martin O'Reilly, Chandra SR Chilamakuri, Bruce Ponder, Kerstin Meyer, Florian Markowetz

维护:Ines de Santiago

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BaalChIP")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BaalChIP”)

超文本标记语言	R脚本	使用BaalChIP包分析ChIP-seq和FAIRE-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，ChIPSeq，测序，软件
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3.1)，GenomicRanges，IRanges，Rsamtools
进口	GenomicAlignments，GenomeInfoDb，doParallel平行,杜比环绕声系统，reshape2，尺度，coda，foreach，ggplot2，方法，utils，图形，统计
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BaalChIP_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	BaalChIP_1.23.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	BaalChIP_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BaalChIP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BaalChIP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BaalChIP/
软件包下载报告	下载数据