BUSseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.BUSseq

这是发展BUSseq版本;稳定的发布版本,请参阅BUSseq。

批处理效应校正与不知亚型scRNA-seq数据

Bioconductor版本:发展(3.18)

BUSseq R包适合一批可判断的贝叶斯层次模型——影响校正与未知的亚型scRNA seq数据(BUSseq)————正确的批处理效应的存在未知的细胞类型。BUSseq能够正确的批处理效果,同时集群细胞类型,并负责统计数据,overdispersion,辍学事件,和scRNA-seq的特异性测序深度数据。与BUSseq纠正批效应后,修正后的值可用于下游分析好像所有细胞测序在单个批处理。BUSseq可以阅读数矩阵集成来自不同scRNA-seq平台,允许细胞类型的测量在一些但不是全部批次只要实验设计满足的条件列在我们的手稿。

作者:目前方大歌(aut (cre)陈,明(aut),迎迎魏(aut)

维护人员:目前方大歌< sfd1994895 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“BUSseq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BUSseq”)

PDF	R脚本	BUScorrect_user_guide
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,贝叶斯,聚类,ExperimentalDesign,FeatureExtraction,GeneExpression,测序,SingleCell,软件,StatisticalMethod
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6)
进口	SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,S4Vectorsgplots grDevices,方法,属性,跑龙套
链接
建议	BiocStyleknitr,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/songfd2018/BUSseq
BugReports	https://github.com/songfd2018/BUSseq/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BUSseq_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	BUSseq_1.7.0.zip
macOS二进制(x86_64)	BUSseq_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BUSseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BUSseq
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BUSseq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BUSseq/
包下载报告	下载数据