BUMHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.BUMHMM

这是发展BUMHMM版本;稳定版请参见BUMHMM．

利用结构探测实验数据计算修正概率的计算管道

Bioconductor版本:开发(3.17)

这是一个概率建模管道，用于从结构探测实验中收集的数据中计算每个核苷酸修改的后验概率。该模型支持多个实验重复，并经验地纠正了覆盖率和序列依赖的偏差。该模型利用每个核苷酸的“下降率”测量，通过对数比(LDR)在重复之间进行比较。对照重复之间的ldr定义了偶然观察到的退出率变异性的零分布，处理重复和对照重复之间的ldr与该分布进行了比较。由此产生的经验p值(从零分布中“抽取”的概率)被用作隐马尔可夫模型中的观测值，beta均匀混合模型被用作排放模型。所得到的后验概率表示核苷酸在结构探测实验中被修改的概率。

作者:Alina Selega (alina.selega@gmail.com)， Sander Granneman, Guido Sanguinetti

维护者:Alina Selega < Alina。Selega在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BUMHMM")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BUMHMM”)

PDF	R脚本	BUMHMM管道介绍
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯，分类，报道，FeatureExtraction，GeneExpression，GeneRegulation，GeneticVariability，遗传学，HiddenMarkovModel，ImmunoOncology，RNASeq，回归，测序，软件，StructuralPrediction，转录，转录组
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	devtools，stringi，gtools，统计，utils，SummarizedExperiment，Biostrings，IRanges
链接
建议	testthat，knitr，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BUMHMM_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	BUMHMM_1.23.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	BUMHMM_1.23.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	BUMHMM_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BUMHMM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BUMHMM
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BUMHMM/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BUMHMM/
软件包下载报告	下载数据