BOBaFIT

DOI:10.18129 / B9.bioc.BOBaFIT

这是发展BOBaFIT版本;稳定的发布版本,请参阅BOBaFIT。

改装二倍体地区配置文件使用聚类过程

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包提供了一种方法来改装和正确的拷贝数的二倍体地区配置文件。它使用一个聚类算法来识别pathology-specific正常(二倍体)染色体,然后使用他们的拷贝数信号改装整个配置文件。包是由三个函数:DRrefit(主要功能),ComputeNormalChromosome PlotCluster。

作者:安德里亚Poletti (aut),盖亚Mazzocchetti (aut (cre) Vincenza Solli (aut)

维护人员:盖亚Mazzocchetti <生物。在gmail.com seragnoli >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“BOBaFIT”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BOBaFIT”)

HTML	R脚本	BOBaFIT.Rmd
HTML	R脚本	数据准备使用TCGA-BRCA database.Rmd
PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类,CopyNumberVariation,归一化,软件,可视化
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 2.10)
进口	dplyr,NbClust,ggplot2,ggbiogrDevices统计数据,tidyr,GenomicRanges,ggforce,stringr,plyranges、方法、跑龙套magrittr
链接
建议	rmarkdown,减价,BiocStyle,knitr,testthat(> = 3.0.0),跑龙套,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/andrea-poletti-unibo/BOBaFIT
BugReports	https://github.com/andrea-poletti-unibo/BOBaFIT/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BOBaFIT_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	BOBaFIT_1.3.0.zip
macOS二进制(x86_64)	BOBaFIT_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)	BOBaFIT_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BOBaFIT
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BOBaFIT
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BOBaFIT/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BOBaFIT/
包下载报告	下载数据