BDMMAcorrect

DOI:10.18129 / B9.bioc.BDMMAcorrect

这是发展BDMMAcorrect版本;稳定版请参见BDMMAcorrect．

元分析的宏基因组读计数数据来自不同的队列

Bioconductor版本:开发(3.17)

宏基因组测序技术可以对微生物组进行定量分析。然而，由于实验之间的差异，将这些实验中的微生物数据结合起来具有挑战性。现有的批效应修正方法没有考虑微生物研究中微生物类群变量之间的相互作用以及微生物组数据的过度分散。因此，它们不适用于微生物组数据。我们开发了一种新的方法，贝叶斯狄利克莱多项式回归元分析(BDMMA)，同时模拟批效应和检测与表型相关的微生物类群。BDMMA自动模拟微生物类群之间的依赖关系，对微生物群的高维性及其关联稀疏性具有鲁棒性。

作者:戴振伟<岱周刊at gmail.com>

维护:ZHENWEI DAI

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BDMMAcorrect")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BDMMAcorrect”)

PDF	R脚本	BDMMAcorrect_user_guide
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，贝叶斯，ImmunoOncology，微生物组，软件
版本	1.17.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.5)，素食主义者，椭圆，ggplot2，猿，SummarizedExperiment
进口	Rcpp(> = 0.12.12),RcppArmadillo，RcppEigen,统计数据
链接	Rcpp，RcppArmadillo，RcppEigen
建议	knitr，rmarkdown，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BDMMAcorrect_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	BDMMAcorrect_1.17.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	BDMMAcorrect_1.17.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	BDMMAcorrect_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BDMMAcorrect
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BDMMAcorrect
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BDMMAcorrect/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BDMMAcorrect/
软件包下载报告	下载数据