BDMMAcorrect

DOI:10.18129 / B9.bioc.BDMMAcorrect

这是发展BDMMAcorrect版本;稳定版请参见BDMMAcorrect

元分析的宏基因组读计数数据来自不同的队列

Bioconductor版本:开发(3.17)

宏基因组测序技术可以对微生物组进行定量分析。然而,由于实验之间的差异,将这些实验中的微生物数据结合起来具有挑战性。现有的批效应修正方法没有考虑微生物研究中微生物类群变量之间的相互作用以及微生物组数据的过度分散。因此,它们不适用于微生物组数据。我们开发了一种新的方法,贝叶斯狄利克莱多项式回归元分析(BDMMA),同时模拟批效应和检测与表型相关的微生物类群。BDMMA自动模拟微生物类群之间的依赖关系,对微生物群的高维性及其关联稀疏性具有鲁棒性。

作者:戴振伟<岱周刊at gmail.com>

维护:ZHENWEI DAI

引文(从R内,输入引用(“BDMMAcorrect”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BDMMAcorrect")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“BDMMAcorrect”)

PDF R脚本 BDMMAcorrect_user_guide
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BatchEffect贝叶斯ImmunoOncology微生物组软件
版本 1.17.0
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 3.5),素食主义者椭圆ggplot2SummarizedExperiment
进口 Rcpp(> = 0.12.12),RcppArmadilloRcppEigen,统计数据
链接 RcppRcppArmadilloRcppEigen
建议 knitrrmarkdownBiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
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建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 BDMMAcorrect_1.17.0.tar.gz
Windows二进制 BDMMAcorrect_1.17.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) BDMMAcorrect_1.17.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) BDMMAcorrect_1.17.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BDMMAcorrect
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BDMMAcorrect
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/BDMMAcorrect/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BDMMAcorrect/
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