BBCAnalyzer

DOI:10.18129 / B9.bioc.BBCAnalyzer

这是发展BBCAnalyzer版本;稳定的发布版本,请参阅BBCAnalyzer。

BBCAnalyzer: R / Bioconductor可视化方案的基础

Bioconductor版本:发展(3.17)

BBCAnalyzer是可视化的包数量相对或绝对的基地,删除和插入在职位序列比对数据定义为bam文件相比,参考基地。标记的相对基本频率,平均质量检测基地,已知的突变和多态性变异叫另外的数据可能被包括在情节。

作者:莎拉Sandmann

维修工:莎拉Sandmann <萨拉。在uni-muenster.de sandmann >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“BBCAnalyzer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BBCAnalyzer”)

PDF	R脚本	使用BBCAnalyzer
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,报道,GeneticVariability,单核苷酸多态性,测序,软件
版本	1.29.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(7.5年)
许可证	LGPL-3
取决于
进口	SummarizedExperiment,VariantAnnotation,RsamtoolsgrDevices,GenomicRanges,IRanges,Biostrings
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BBCAnalyzer_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	BBCAnalyzer_1.29.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	BBCAnalyzer_1.29.0.tgz
macOS二进制(arm64)	BBCAnalyzer_1.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BBCAnalyzer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BBCAnalyzer
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BBCAnalyzer/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BBCAnalyzer/
包下载报告	下载数据