BASiCStan

DOI:10.18129 / B9.bioc.BASiCStan

这是发展BASiCStan版本;稳定版请参见BASiCStan．

基本功能的Stan实现

Bioconductor版本:开发(3.17)

提供一个接口，使用Stan编程语言中的变分推理(ADVI)、马尔可夫链蒙特卡罗(NUTS)和最大后测推理引擎推断BASiCS的参数。BASiCS是一个贝叶斯层次模型，在Gibbs抽样方案中使用自适应大都会。Stan提供的替代推理方法在某些情况下可能更可取，例如对于特别大的数据或具有困难几何图形的后验分布。

作者:Alan O'Callaghan [aut, cre]， Catalina Vallejos [aut]

维护者:Alan O'Callaghan < Alan。Ocallaghan在outlook.com>上写道

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BASiCStan")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BASiCStan”)

超文本标记语言	R脚本	BASiCStan的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，CellBiology，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，归一化，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组
版本	1.1.0
在Bioconductor	BioC 3.16 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.2)，基础知识，rstan(> = 2.18.1)
进口	方法,glmGamPoi，食物，天窗，统计，utils，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，Rcpp(> = 0.12.0),RcppParallel(> = 5.0.1),rstantools(> = 2.1.1)
链接	黑洞(> = 1.66.0),Rcpp(> = 0.12.0),RcppEigen(> = 0.3.3.3.0),RcppParallel(> = 5.0.1),rstan(> = 2.18.1),StanHeaders(> = 2.18.0)
建议	testthat(> = 3.0.0),knitr，rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/Alanocallaghan/BASiCStan
BugReports	https://github.com/Alanocallaghan/BASiCStan/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BASiCStan_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	BASiCStan_1.1.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	BASiCStan_1.1.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	BASiCStan_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BASiCStan
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BASiCStan
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BASiCStan/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BASiCStan/
软件包下载报告	下载数据