强盗

DOI:10.18129 / B9.bioc.BANDITS

这是发展土匪版;稳定版请参见强盗

差分拼接的贝叶斯分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

匪徒是一个贝叶斯层次模型,用于检测基因和转录本的差异剪接,通过差异转录本使用(DTU),在两个或多个条件之间。该方法使用贝叶斯分层框架,允许在dirichlet -多项模型中对特定比例的样本进行抽样,并对转录本的片段分配进行抽样。参数通过马尔科夫链蒙特卡罗(MCMC)技术推断,DTU测试通过转录本平均相对丰度的后测密度的多元Wald测试进行。

作者:Simone Tiberi [aut, cre]。

维护者:Simone Tiberi < Simone。提比利在uzh.ch>

引文(从R内,输入引用(“土匪”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("BANDITS")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“土匪”)

超文本标记语言 R脚本 差分拼接的贝叶斯分析
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文本 新闻

细节

biocViews AlternativeSplicing贝叶斯DifferentialExpressionDifferentialSplicingGeneExpression遗传学MultipleComparisonRNASeq测序软件StatisticalMethod转录可视化
版本 1.15.0
在Bioconductor BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证 GPL (>= 3)
取决于 R (>= 4.0.0)
进口 RcppdoRNG质量data.tableR.utilsdoParallel平行,foreach,方法,统计,图形,ggplot2DRIMSeqBiocParallel
链接 RcppRcppArmadillo
建议 knitrrmarkdowntestthattximportBiocStyleGenomicFeaturesBiostrings
SystemRequirements c++ 11
增强了
URL https://github.com/SimoneTiberi/BANDITS
BugReports https://github.com/SimoneTiberi/BANDITS/issues
全靠我
进口我 DifferentialRegulation
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 BANDITS_1.15.0.tar.gz
Windows二进制 BANDITS_1.15.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) BANDITS_1.15.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) BANDITS_1.15.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BANDITS
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BANDITS
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/BANDITS/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BANDITS/
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