AnnotationHubData

DOI:10.18129 / B9.bioc.AnnotationHubData

这是发展AnnotationHubData版本;稳定的发布版本,请参阅AnnotationHubData。

公共数据资源转换成Bioconductor数据结构

Bioconductor版本:发展(3.16)

这些食谱将各种和越来越多的公共科学数据集轻松使用标准Bioconductor数据结构。

作者:马丁•摩根(施)马克·卡尔森(施),丹特南鲍姆(施),Sonali Arora[所有],保罗•香农(施)Lori牧羊人[所有],Bioconductor包维护者(cre)

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“AnnotationHubData”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“AnnotationHubData”)

HTML		介绍AnnotationHubData
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,软件
版本	1.27.1
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.2.2)、方法、效用,S4Vectors(> = 0.7.21),IRanges(> = 2.3.23),GenomicRanges,AnnotationHub(> = 2.15.15)
进口	GenomicFeatures,Rsamtools,rtracklayer,BiocGenerics,jsonlite,BiocManager,biocViews,BiocCheck,图,AnnotationDbi,Biobase,Biostrings,DBI,GenomeInfoDb(> = 1.15.4),OrganismDbi,RSQLite,AnnotationForge,futile.logger(1.3.0 > =版本),XML,RCurl
链接
建议	RUnit,knitr,BiocStyle,grasp2db,GenomeInfoDbData,rmarkdown,HubPub
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	ExperimentHubData
进口我	AHEnsDbs,EuPathDB
建议我	GenomicState,HubPub
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	AnnotationHubData_1.27.1.tar.gz
Windows二进制	AnnotationHubData_1.27.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	AnnotationHubData_1.27.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationHubData
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ AnnotationHubData
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationHubData/
包下载报告	下载数据