AnnotationHub

DOI：10.18129 / b9.bioc.annotationhub.

这是发展AnnotationHub版本;稳定的发布版本请参见AnnotationHub。

客户端访问AnnotationHub资源

Bioconductor版本：开发（3.13）

此包为Biocuconsion AnnotationHub Web资源提供客户端。AnnotationHub Web资源可以提供一个中央位置，可以发现来自标准位置的基因组文件（例如，VCF，床，WIG）和其他资源，可以发现标准位置（例如，UCSC，EnsemBl）。该资源包括关于每个资源的元数据，例如，文本描述，标签和修改日期。客户端创建并管理用户检索的文件的本地缓存，帮助快速和可重复的访问。

作者：Biocumond Package维护者[Cre]，Marc Morgan [Aut]，Marc Carlson [CTB]，Dan Tenenbaum [CTB]，Sonali Arora [CTB]，Valerie Oberchain [CTB]，Kayla Morrell [CTB]，Lori Shepherd [Aut]

维护者：Bioconductor Package维护者

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！quancamespace（“biocmanager”，squally = true））install.packages（“biocmanager”）＃下面初始化buoc devel biocmanager :: install的使用（版本='devel'）biocmanager ::安装（“annotationhub”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“ANNOTATIONHUB”）

HTML.	r script.	AnnotationHub：访问AnnotationHub Web服务
HTML.	r script.	AnnotationHub: AnnotationHub HOW TO的
HTML.	r script.	创建集线器包：实验室或注释声
HTML.	r script.	排除集线器故障
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

biocViews	DataImport.那吉伊那基础设施那软件那第三个龙客
版本	2.99.6
在生物导体中以来	BIOC 2.12（R-3.0）（8年）
执照	艺术-2.0
依靠	生物根系（> = 0.15.10），biocfilecache.(> = 1.5.1)
进口	Utils，方法，grdevices，rsqlite.那Biocmanager.那生物转换那卷曲那rappdirs.那annotationdbi.(> = 1.31.19),S4Vectors.那interactiveDisplayPase.那Httr.那yaml.那dplyr.
链接到
建议	绞喉那Genomicranges.那GenomeInfoDb那VariantAnnotation.那RSAMTOOLS.那rtracklayer.那生物焦那kn那annotationforge.那rbiopaxparser.那运行那基因组法那msnbase.那MZR.那Biostrings那概括分析那实验室那GDSFMT.那RAMAMAMDOW.
系统要求
加强	annotationhubdata.
URL.
Bugreports.	https://github.com/biocumon/annotationhub/issues.
取决于我	制剂瘤那注解那annotationhubdata.那腌制胶癌那EPITXDB.HS.HG38那EpiTxDb.Mm.mm10那EpiTxDb.Sc.sacCer3那eupathdb.那实验室那基因组那Hipathia.那IPDDB.那LRCell.那Metagxbreast.那Metagxovarian.那雀巢链接那org.mxanthus.db.那panther.db.那Phastcons30way.ucsc.hg38.那ProteomicsAnnotationHubData那测序那Sesamedata.那鞑靼
进口我	addugdata.那ahlrbasedbs.那ahmeshdbs.那ahpathbankdbs.那ahpubmeddbs.那Alpinedata.那alleteringplicingevents.hg19.那alleteringplicingevents.hg38那annotatr.那biscuiteerdata.那celldex.那chipseqdbdata.那circRNAprofiler那CutatedTCGADATA.那customcmpdb.那DEPMAP.那DMRSEQ.那droplettestfiles.那eNCODEXPLORER.那enmix.那ewce.那FieldEffectCrc.那GenomicDistributionsData.那基因组织那Grasp2DB.那GSEABENCHMARMARL那Gwascat那hcadata.那hmp16sdata.那hmp2data.那MACSR.那McSurvdata.那代谢物贴图那MetaGxPancreas那msnid.那Psichomics.那粉末那Regutools.那重新那休息那抚慰那scpdata.那scrnapeq.那SCTERSOR.那singlecell multimodal.那spatiallibd.那tcgaworkflow.那tenxbraindata.那TENxBUSData那tenxpbmcdata.那Tsrchitect那tximeta.那ularcirc
建议我	ahensdbs.那BGEECALL.那芝加哥那Chippeakanno.那Cindex.那ClusterProfiler.那cnvranger.那可可那DNAshapeR那Dupradar.那ENCODExplorerData那ensembldb那epinem.那EPITXDB.那Epivizrchart.那Epivizrdata.那Genomicranges.那Gosemsim.那和谐的TCGADATA.那蒙越者那米拉那msnbase.那多射线那Organismdbi.那彻底甲基化那土星那VariantAnnotation.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	annotationhub_2.99.6.tar.gz.
Windows二进制文件	annotationhub_2.99.6.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	annotationhub_2.99.6.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/annotationhub.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ annotationhub
包短网址	https://biocumon.org/packages/annotationhub/
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