AneuFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.AneuFinder

这是发展AneuFinder版本;稳定版请参见AneuFinder．

单细胞测序数据拷贝数变异分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

AneuFinder实现了单细胞全基因组测序和链序列数据的拷贝数检测、断点检测、核型和异质性分析功能。

作者:Aaron Taudt, Bjorn Bakker, David Porubsky

维护者:Aaron Taudt < Aaron。Taudt在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("AneuFinder")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“AneuFinder”)

PDF	R脚本	快速介绍AneuFinder
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，GenomicVariation，HiddenMarkovModel，ImmunoOncology，测序，SingleCell，软件，WholeGenome
版本	1.27.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)，GenomicRanges，ggplot2，cowplot，AneuFinderData
进口	方法，utils, grDevices，图形，统计，foreach，doParallel，BiocGenerics(> = 0.31.6),S4Vectors，GenomeInfoDb，IRanges，Rsamtools，bamsignals，DNAcopy，ecp，Biostrings，GenomicAlignments，reshape2，ggdendro，ggrepelReorderCluster,mclust
链接
建议	knitr，BiocStyle，testthat，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ataudt/aneufinder.git
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	AneuFinder_1.27.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AneuFinder
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AneuFinder
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/AneuFinder/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AneuFinder/
软件包下载报告	下载数据