AneuFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.AneuFinder

这是发展AneuFinder版本;稳定版请参见AneuFinder

单细胞测序数据拷贝数变异分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

AneuFinder实现了单细胞全基因组测序和链序列数据的拷贝数检测、断点检测、核型和异质性分析功能。

作者:Aaron Taudt, Bjorn Bakker, David Porubsky

维护者:Aaron Taudt < Aaron。Taudt在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“AneuFinder”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("AneuFinder")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“AneuFinder”)

PDF R脚本 快速介绍AneuFinder
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariationGenomicVariationHiddenMarkovModelImmunoOncology测序SingleCell软件WholeGenome
版本 1.27.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.5),GenomicRangesggplot2cowplotAneuFinderData
进口 方法,utils, grDevices,图形,统计,foreachdoParallelBiocGenerics(> = 0.31.6),S4VectorsGenomeInfoDbIRangesRsamtoolsbamsignalsDNAcopyecpBiostringsGenomicAlignmentsreshape2ggdendroggrepelReorderCluster,mclust
链接
建议 knitrBiocStyletestthatBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ataudt/aneufinder.git
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进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 AneuFinder_1.27.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AneuFinder
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AneuFinder
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/AneuFinder/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/AneuFinder/
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