ATACseqQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ATACseqQC

这是发展ATACseqQC版本;稳定版请参见ATACseqQC．

ATAC-seq质量控制

Bioconductor版本:开发(3.17)

ATAC-seq是一种利用测序技术检测转座子可达性染色质的方法，是一种快速、灵敏的染色质可达性分析方法。它是作为MNase-seq, FAIRE-seq和DNAse-seq的替代方法开发的。与其他方法相比，ATAC-seq需要较少的生物样本和处理时间。在分析我们实验室生产的几个ATAC-seq数据集的过程中，我们了解到ATAC-seq数据质量评估的一些独特方面。为了帮助用户快速评估他们的ATAC-seq实验是否成功，我们部分遵循Nature Method 2013 (Greenleaf et al.)发表的指南开发了ATACseqQC包，包括片段大小分布、线粒体reads比例、核小体定位模式和CTCF或其他转录因子足迹的诊断图。

作者:欧建宏，刘海波，闫峰，于军，Michelle Kelliher, Lucio Castilla, Nathan Lawson，朱丽华Julie

维护者:欧建宏<建宏。你在duke.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ATACseqQC")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ATACseqQC”)

超文本标记语言	R脚本	ATACseqQC装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，报道，DNASeq，GeneRegulation，ImmunoOncology，NucleosomePositioning，质量控制，测序，软件
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.5.0)，BiocGenerics，S4Vectors
进口	BSgenome，Biostrings，ChIPpeakAnno，IRanges，GenomicRanges，GenomicAlignments，GenomeInfoDb，GenomicScores，图形，网格，limma，Rsamtools(> = 1.31.2),randomForest，rtracklayer统计数据,motifStack，preseqR跑龙套,KernSmooth，刨边机
链接
建议	BiocStyle，knitr, BSgenome.Hsapiens.UCSC。hg19 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGene phastCons100way.UCSC.hg19,MotifDb，trackViewer，testthat，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	NADfinder
建议我	ATACseqTFEA
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ATACseqQC_1.23.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ATACseqQC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ATACseqQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ATACseqQC/
软件包下载报告	下载数据