ATACseqQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ATACseqQC

这是发展ATACseqQC版本;稳定版请参见ATACseqQC

ATAC-seq质量控制

Bioconductor版本:开发(3.17)

ATAC-seq是一种利用测序技术检测转座子可达性染色质的方法,是一种快速、灵敏的染色质可达性分析方法。它是作为MNase-seq, FAIRE-seq和DNAse-seq的替代方法开发的。与其他方法相比,ATAC-seq需要较少的生物样本和处理时间。在分析我们实验室生产的几个ATAC-seq数据集的过程中,我们了解到ATAC-seq数据质量评估的一些独特方面。为了帮助用户快速评估他们的ATAC-seq实验是否成功,我们部分遵循Nature Method 2013 (Greenleaf et al.)发表的指南开发了ATACseqQC包,包括片段大小分布、线粒体reads比例、核小体定位模式和CTCF或其他转录因子足迹的诊断图。

作者:欧建宏,刘海波,闫峰,于军,Michelle Kelliher, Lucio Castilla, Nathan Lawson,朱丽华Julie

维护者:欧建宏<建宏。你在duke.edu>

引文(从R内,输入引用(“ATACseqQC”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ATACseqQC")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ATACseqQC”)

超文本标记语言 R脚本 ATACseqQC装饰图案
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文本 新闻

细节

biocViews ATACSeq报道DNASeqGeneRegulationImmunoOncologyNucleosomePositioning质量控制测序软件
版本 1.23.0
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 3.5.0),BiocGenericsS4Vectors
进口 BSgenomeBiostringsChIPpeakAnnoIRangesGenomicRangesGenomicAlignmentsGenomeInfoDbGenomicScores,图形,网格,limmaRsamtools(> = 1.31.2),randomForestrtracklayer统计数据,motifStackpreseqR跑龙套,KernSmooth刨边机
链接
建议 BiocStyleknitr, BSgenome.Hsapiens.UCSC。hg19 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGene phastCons100way.UCSC.hg19,MotifDbtrackViewertestthatrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我 NADfinder
建议我 ATACseqTFEA
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ATACseqQC_1.23.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ATACseqQC
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ATACseqQC
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ATACseqQC/
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