- 家
- Bioconductor 3.17
- 软件包
- ATACCoGAPS(开发版)
ATACCoGAPS
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DOI:10.18129 / B9.bioc.ATACCoGAPS
这是发展ATACCoGAPS版本;稳定的发布版本,请参阅ATACCoGAPS。
分析工具与CoGAPS scATACseq数据
Bioconductor版本:发展(3.17)
提供的工具运行CoGAPS算法(多数时候等,2010)的单细胞ATAC测序数据和分析结果。可以用来执行分析的基因,图案,TFs或途径。另外提供了学习和数据传输工具与RNA单细胞测序数据的集成。
作者:Rossin Erbe (aut (cre)
维护人员:Rossin Erbe < rerbe1 jhmi.edu >
从内部引用(R,回车引用(“ATACCoGAPS”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ATACCoGAPS”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
| 参考手册 |
细节
| biocViews | 贝叶斯,聚类,DimensionReduction,表观遗传学,ResearchField,SingleCell,软件,转录 |
| 版本 | 1.1.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 4.2.0),CoGAPS(> = 3.5.13) |
| 进口 | gtools,GenomicRanges,projectR,TFBSTools,GeneOverlap,msigdbr,tidyverse,gplots,motifmatchr,chromVAR,GenomicFeatures,IRanges,fgsea,rGREAT,JASPAR2016,Homo.sapiens,Mus.musculus,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,stringr,dplyr |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,冬青 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/FertigLab/ATACCoGAPS/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | |
| Windows二进制 | ATACCoGAPS_1.1.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | ATACCoGAPS_1.1.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ATACCoGAPS |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ATACCoGAPS |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/ATACCoGAPS/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ATACCoGAPS/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
